清王朝灭亡后不久，许多人都在探讨亡国的原因。戊戌时任礼部主事的王照曾言简意赅地指明：“方家园者，京师朝阳门内巷名。慈禧、隆裕两后母家所在也。恭忠亲王奕曾言，我大清乃亡于方家园。”王照说，“大清亡于方家园”是奕所言。奕何时，何地，向何人所言，已无法查考。但不管怎么说，慈禧本人要对清王朝的垮台承担重大责任，是时人的共同认识，这大概是没有疑义的。就是在我们今人看来，又何尝不是如此呢?
家世、入宫、母以子贵
慈禧，人们又称那拉氏，以其祖先曾居住叶赫，故又称作叶赫那拉氏，满洲镶蓝旗人。后来，以母后位尊，于咸丰十一年1862年十二月十八日，被抬入镶黄旗满洲，是谓“抬旗”。清朝八旗制度有所谓。“上三旗”与“下五旗”之分，上三旗指的是镶黄、正黄、正白；下五旗则指镶白、正红、镶红、正蓝、镶蓝五旗。关外征战时，上三旗由皇帝亲自统帅，位高势尊，下五旗则与皇帝关系比较疏远，政治地位较低下。同治帝继位后，慈禧“母以子贵”，故其母家得以破格被抬入镶黄旗。
慈禧生于道光十五年十月初十日1835年11月29日，其父惠征，于咸丰二年1852年二月任安徽宁池太广道，时太平军正以摧枯拉朽之势，横扫大江南北，惠征到任甫年余，即不安于位。次年三月，以“携带饷银印信避至镇江”而被开缺，同年六月初三以悲愤忧惧，一病不起，客死于江苏镇江府，终年仅四十九岁。慈禧母亲亦为显宦人家子女，外祖惠显，在道光朝曾任皖省臬司，驻藏大臣，工部左侍郎，并兼任京营右翼总兵，后又出任归化城副都统。慈禧幼年即生活在京师这样一个比较特殊的满人家庭，三代均为清朝中等官僚，虽未能显达，但却用了不少气力。与那些自暴自弃，甘于贫困堕落，不求进取的满人家庭，有着显著区别。祖辈的坎坷遭遇，力图升迁的经历，给幼年的慈禧以深刻之影响，并在其性格的形成中打上深深的烙印。“布衫辫发平梳洗”，“秀女春来应点时”。咸丰元年1851年清廷颁诏选秀女。这为慈禧步入紫禁城，进入皇家提供了一个千载罕逢的机遇。慈禧由镶蓝旗佐领恩祥选送入宫，于成丰三年二月，以年青貌美被皇帝看中，被封为兰贵人，于五月初九奉旨进入大内。咸丰四年二月二十六日晋封为懿嫔。她以自己出众的才华，力挫群芳，赢得了成丰帝的宠爱。咸丰五年怀孕后，慈禧之母于是年底至储秀官陪同住宿。经过一番“刨喜坑，选佣人”，备木槽等紧张准备，终于迎来了分娩的时刻。中国第一历史档案
馆藏有咸丰六年三月《懿妃遇喜大阿哥》档册一份，记载了当时的一些具体细节：
“二十三日巳时，懿嫔坐卧不安，随奴才韩来玉 按：储秀宫服役之太监问姥姥口氏，说似有转胎之象。”二月二十三日未时，懿嫔分娩阿哥，收拾毕，奴才带领夸方脉、小方脉按，分别指为成人及小儿视疾之大夫，请得懿嫔母子脉息均安，万岁爷大喜”。
生下来的阿哥取名载淳，即后来的同治皇帝。咸丰八年1858年咸丰帝的玫贵人徐佳氏生下第二个皇子，惜甫出生即夭折自此以后，直到清廷灭亡，紫禁城内再也没有生儿育女了。因此，慈禧所生的载淳被皇帝视若掌上明珠。时年二十二岁的慈禧，母以子贵，咸丰六年三月二十四日即晋封懿妃，次年又晋封为懿贵妃，在官中的地位日益显赫。
发动政变，垂帘听政
咸丰十年，英法两国发动了第二次鸦片战争，侵略军由广东挥师北上，长驱直入，攻陷大沽，陈兵天津，京师受到严重威胁。清廷上层乱作一团，咸丰帝束手无策，时而要“御驾亲征”，时而又策划遁逃。慈禧认为，“皇上在京可以镇慑一切，圣驾若行，则宗庙无主，恐为夷人践毁，尊周室东迁，天子蒙尘，永为后世之羞，今若速弃京城而去，辱莫甚焉”。慈禧的这一主张，表明了她在戎马倥偬，人心惶惶之际，尚能保持清醒的头脑，颇有主见，惜未被咸丰帝采纳。当通州八里桥败讯传来，联军进逼北京城下，咸丰帝携带后妃、皇子，仓促北逃承德，而将残局留给恭亲王奕收拾。
“乱世出英雄”，这几乎是中国历史上带有规律性的现象。咸丰末年，南方农民起义的烽火四起，北方亦战乱频仍，这种动荡不安的政治局面使慈禧充分施展自己的政治才能。在承德避暑山庄，慈禧“披览各省奏章”，议论朝政得失，这些举动渐渐引起了咸丰帝及其亲信肃顺等朝臣的不满。肃顺甚至请求咸丰帝行“钩弋故事”，即仿照汉武帝的做法，将太子生母钩弋夫人赐死，以除后患。然咸丰帝却不具备汉武帝的远见，“濡需不忍”，而慈禧与肃顺间关系已势同水火，难以弥缝。十一年七月初十，，成丰帝忧劳成疾，暑泻日久，以至病死于烟波致爽殿，由其子六岁的载淳即位。太后钮钻禄氏进升母后皇太后，慈禧亦以生母被尊为圣母皇太后。按咸丰遗命，由怡亲王载垣，郑亲王端华，御前大臣景寿，尚书肃顺，军机大臣穆荫、匡源、杜翰、焦韦占瀛八人，赞襄一切政务。凡发布诏谕，先由赞襄政务王大臣草拟呈递后，请皇太后、皇上钤用图章，上系“御赏”，下系“同道堂”，以为符信。此时的慈禧，实际上以圣母皇太后身分代行皇帝职权。朝廷出现了垂帘、辅政兼而有之的局面。
对于这种政治格局，慈禧仍感到很不满足，她一心想的是垂帘听政，大权独揽。而以载垣、肃顺为首的辅政大臣则坚决反对慈禧干预政务，以为这样做既与祖制不符，也违背了大行皇帝的遗诏。这两股政治势力之间，已经隐藏着深刻的矛盾。而当时的政治舞台上还潜伏着另一股重要的政治势力，即以恭亲王奕为首的洋务集团。咸丰帝生前，奕屡屡吁请回銮，但被咸丰帝及其亲信肃顺、载垣诸人所否决。咸丰驾崩后，奕陈请赴行在叩谒梓官，而载垣诸人却以小皇帝的名义发布了“在京办理一切事宜，无庸前赴行在”的上谕，加以阻挠。成丰十一年八月初一，奕突然出现在避暑山庄，使载垣、肃顺等人十分震惊， 但给慈禧带来了无限的喜悦。奕在咸丰灵前伤心哭泣，沉痛祭奠之后，慈禧即迫不及待地要太监传旨召见恭亲王。顾命王大臣最担心的正是这件事情，因此再次阻挠，声称“叔嫂当避嫌疑，且先帝宾天，皇太后居丧，尤不宜召见亲王”。奕为表清白，请端华陪同晋见。肃顺说：“汝与两宫叔嫂耳，何必我辈陪哉?”于是，慈禧终于获得了与奕单独会面密谈的机会。她详述肃顺诸人横行跋扈、目中无人的举止，希望恭王设法。“恭王对，非还京不可。后曰：奈外国何？王奏，外国无异议，如有难，惟奴才是问”。可见，恭亲王在赴热河行在之前，已同列强驻京使节磋商，作好了一切必要的准备。慈禧与奕通过密谈，确定了尽快回銮，发动政变，翦除异己的方针。
慈禧与奕密谈后，政变正在加紧策划。八月初六，山东道监察御史董元醇呈递奏折，请慈禧权理朝政，并另简亲王辅政。该折谓：
“虽我朝向无太后垂帘之仪，而审时度势，不得不为此通权达变之举。……现时赞襄政务，虽有王大臣、军机大臣诸人，臣以为当更于亲王中简派一、二人，令同心辅弼一切事务，俾各尽心筹划，再求皇太后、皇上裁断施行，庶亲贤并用，既无专擅之患，亦无偏任之嫌。”
董元醇的奏章说出了慈禧的心意，其矛头所向，正是对准顾命八大臣，因此引起肃顺等人的强烈反对。慈禧要颁发谕旨采纳董议，肃顺诸人则坚持要痛加驳斥，双方剑拔弩张，进行了激烈争论。载垣等在召对时公然声称，顾命大臣只能对皇上负责，而不能听命于太后，甚至谓：“请太后看折，亦系多余之事”。当面咆哮，含怒负气，最后竟拂袖而去，并以“搁车”相威胁，全然不把慈禧放在眼里。慈禧被气得面色青紫，双手颤动，小皇帝亦被惊吓得直哭，以至把太后的衣服都尿湿了。
董元醇的奏折所引起的风波，实质上是政变的前奏。这场斗争暂时以肃顺的胜利，慈禧的失败而告终。慈禧因势薄力单，不得不作了些妥协，但是她却通过自己的妹妹那拉氏与妹夫醇亲王奕譞加紧了准备政变的步伐。顾命八大臣可以颁布上谕，痛斥董元醇“殊属非是”，但他们无法阻止慈禧和小皇帝的回銮计划，因为一旦回到京城。就是奕的势力范围了。
成丰十一年九月二十三日。塞外秋高气爽，是日凌晨，在避暑山庄的丽正门外，举行了向咸丰灵榇隆重的告别仪式。小皇帝行礼祭奠后，由二百多人轮流扛抬的灵榇开始启行，因山路崎岖，行进缓慢。慈禧、慈安和小皇帝则由间道先行，启跸回京，载垣、端华等亦随之而行。肃顺和慈禧的另一个亲信醇亲王奕譞则随梓宫走大道，在后面缓行。顾命王大臣被分别隔离，彼此不能照应，而慈禧则可以按预定的计划进行。
六天后，慈禧回到了北京。这里的气氛与在承德时迥然不同，在奕的布置影响下，朝臣纷纷请求皇太后亲操政权。善于揣摩慈禧意图的胜保上了一道劝进的奏疏，称：“非皇太后亲理万机，召对群臣，无以通下情而正国体；非另简近支亲王佐理庶务，尽心匡弼，不足以振纲纪而顺人心”。大学士贾祯、周祖培，尚书沈兆霖、赵光联合上书，奏请“太后临朝”，这些奏章字字句句都表达了慈禧的意愿，于是，她抓紧时机，颁布了十多天之前在热河行官由奕譞草拟的谕旨。这道谕旨指责载垣、端华、肃顺诸人朋比为奸，总以外国情形反复，力排众论，阻挠咸丰回銮；迨咸丰“龙驭宾天”后，又对董元醇奏折晓晓置辩，全无人臣之礼，拟旨时又阳奉阴违，擅自欺蒙，故将载垣、端华、肃顺三人先将解任，其余五人退出军机，并要恭亲王奕会同大学士、六部、九卿、翰、詹、科道，将其应得之咎，分别轻重，秉公具奏。
在颁布上谕的当天，慈禧还特旨召见恭亲王，并带同大学士桂良、周祖培，军机大臣文祥等人一起进见，但遭到载垣、端华的蛮横阻拦，并称不应召见外臣。慈禧果断地采取措施，立命将载垣等三人锁拿交宗人府从严议罪。这时，肃顺尚在旅途之中，慈禧派自己的妹夫奕譞，亲带兵丁，协卧室中将肃顺擒拿。这突如其来的举动是肃顺等人所没有料到的。当他被奕譞的兵丁锁拿时，破口大骂，咆哮狂肆，但是这一切都太晚了。十月初六，慈禧下令将载垣、端华赐死，命在宗人府空室自尽；至于肃顺，则以其悖逆狂谬，较载垣等尤甚，本应凌迟处死，后加恩改为斩立决。肃顺被斩之日，万人空巷，前往观看。肃顺白衣白靴，面无惧色，骂不绝口，“其悖逆之声，皆为人臣子者所不忍闻。”至菜市口刑场又拒不跪，被刽子手打断腿骨，始下跪就刑。
“不是东风压倒西风，就是西风压倒东风”。在权力的争夺场上是没有退让可言的。这场晚清政治舞台上动人心魄的权力争斗，被称为“祺祥政变”，又称“辛酉政变”。它为慈禧的上台执政铺平了道路。以当时情形而论，以肃顺之才，亦必早知慈禧之不能相容，且有先下手之意，惜载垣、端华才具平庸，不能纳其议。据说，肃顺后来曾“嗔目叱端华、载垣曰：若早从吾言，何至有今日”。肃顺其人，平日虽跋扈，却能礼贤下士，特别是放手任用有才能的汉人，故对清王朝颇多贡献。他在争夺权力的斗争中败在慈禧手下，对清王朝来说也许是一件不幸的事。
与恭亲王奕的权力斗争
肃顺等被处死后，慈禧改年号“祺祥”为“同治”，实现了垂帘听政的愿望。她在政治上清除“肃党”，巩固自己的统治地位，同时派奕为议政王，在军机处行走，赏食亲王双俸；派醇王奕譞掌管神机营，训练精兵；并根据奕的建议，申谕中外臣工，要他们对朝廷的用人行政，如有所见，务当切实直陈，毋得稍存畏匿隐忍之见。这一时期，慈禧对奕十分信任，而奕诉之任事，则“委权督抚，朝政号为清明，颇采外论，擢用贤才，能特达者，不为遥制”。因此，能够在较短时间内平息太平天国革命和捻军等起义，并且大力兴办洋务事业，清王朝得以苟延残喘。慈禧与奕同心协力做出的这些政绩，曾被一些文人美称为“同治中兴”。
然而，这种和衷共济的局面没有维持多久，就发生了“蔡寿祺事件”。这件事实质上揭开了慈禧与奕争夺权力的序幕。
蔡寿祺，长期在翰林院任编修，同治四年二月署日讲官，三月初四上疏痛陈时弊，指责当朝权贵恭亲王奕贪墨、骄盈、揽权、徇私四大罪状。该折谓：
“近来竟有贪庸误事，因抉重赀而内膺重任者，有聚敛殃民因善夤缘而外任封疆者；至各省监司出缺，往往用军营骤进之人，而夙昔谙练军务通达吏治之员，反皆弃置不用，臣民疑虑，则以为议政王之贪墨。自金陵克复后，票拟谕旨多有大功告成字样。现在各省逆氛尚炽，军务何尝告竣？……群相粉饰。臣民猜疑，则以议政王之骄盈故也。”
“臣愚以为议政王若于此时引为己过，归政朝廷，退居藩邸，请别择懿亲议政，多任老成，参赞密勿，方可保全名位，永荷天庥。”
蔡寿祺对奕的弹劾极为严厉，应该说并非是空穴来风。据王闿运《祺祥故事》云：
“奕诉及入枢廷，需索尤繁，王恒忧之。福晋父故总督也，颇习外事，则以提门包为充用常例，王试行之，而财足用，于是府中贿赂公行，珍货猥积，流言颇闻，福晋亦患之。”
此处所谓福晋父，系指桂良。清制，王贝勒不亲出纳，奕此举对晚清政治颇具影响，日后奕劻诸亲王卖官鬻爵，贿赂公行，未始不与奕之影响有关。对于奕诉之骄盈，《祺祥故事》亦有述及，略谓：
“王既被亲用，每日朝辄立谈移晷，宫监进茗饮，两宫必日：给六爷茶。一日召对颇久，王立御案前，举瓯将饮，忽悟此御茶也，乃还置原处，两宫哂焉。”
这段记载形象地记述了奕在“辛酉政变”之后，由于大权在握，渐渐有些忘乎所以。故蔡寿祺折中所云虽有些过甚之词，然而并非全然无据。蔡折递上后，慈禧并未立即发下，而是把它作“留中”处理。据李慈铭《越缦堂日记》记述，在奕朝见时，慈禧谓：“有人劾汝，并示以折。奕不致谢，固问：‘何人?’慈禧言：‘蔡寿祺’。奕失声曰：‘蔡寿祺非好人！’欲逮问之。两官甚怒，即日召见大学士周祖培、瑞常，吏部尚书朱凤标、户部侍郎吴廷栋，刑部侍郎王发桂、内阁学士桑春荣、殷兆镛等，并垂泪谕诸臣曰：‘奕植党擅政，渐不能堪，欲重治其罪’。诸臣以事发突然，莫敢对答。慈禧又谓：‘诸臣当念先帝，勿畏王，王罪不可逭，宜速议。’周祖培谓：‘此惟两官乾断，非臣等所敢知。’慈禧曰：‘若然，何用汝曹为？他日皇帝长成，汝等独无咎乎?’周祖培乃谓：‘此事须有实据。容臣等退后详察以闻，并请大学士倭仁共治之。’太后始命退。诸臣均流汗沾衣。”
这段记载，生动逼真，既刻画出奕在两宫面前狂傲放肆，目中无人的形态，又说明了慈禧对奕忍无可忍，终于爆发出来的情形，揆诸时人的其他记载，所述尚属可信。第二天，大学士倭仁、周祖培等在内阁讨论，并召蔡寿祺追供。蔡氏供称：四大罪状率皆风闻，惟挟重赀而内膺重任，善夤缘而外任封疆者，乃是指总理衙门大臣薛焕，陕西巡抚刘蓉。于是倭仁等于三月初七具折覆奏，谓蔡折所言无实据，又谓恭王如严以律己，何致屡遭物议，故贪墨、骄盈、揽权、徇私各款。虽不能指出实据，恐未必尽出无因。倭仁等人模棱两可的覆议折递上后，当即被慈禧召见。慈禧还交给他们一份事先已拟好的殊谕。
慈禧以同治帝名义颁布的这道朱谕，虽有不少文字失误及辞句不通者，但是，却能恰如其分地表达她心里所要讲的话，作为一个并没有接受许多正规教育的妇道人家，能达到如此水平，也确实不容易，它充分显示了这位皇太后的行政能力。她的这道谕旨，本应由军机处交内阁发布，因为军机处的官员大多对奕抱同情态度，故而改由内阁直接发布，一时间在朝野引起了一场轩然大波。三月初七惇亲王奕誴上书慈禧，为恭亲王申辩。折中称：
“恭亲王自议政以来，办理事务，未闻有昭著劣迹，惟召对时语言词气之间，诸多不检，究非臣民所共见共闻；而被参各款，查办又无实据，若遽行罢斥，窃恐传闻中外，议论纷然，于用人行政，似有关系，殊非浅鲜。臣愚昧之见，请皇太后、皇上恩施格外，饬下王公大臣集议，请旨施行”。
奕誴的意见，反映了大多数朝臣的呼声，而且他作为道光皇帝第五子，咸丰帝之胞弟，虽已出嗣悼亲王绵恺，但他是皇室中最年长者，说话自然很有份量，由他出面为奕求情，慈禧自然不能驳回这个面子。故奕誴折递上之次日，孚郡王奕譓即与军机大臣文祥一道，被两宫召见。奕譓是道光帝第九子，亦为咸丰胞弟，他根据慈禧旨意，要王公大臣、翰詹科道于三月初九在内阁进行集体讨论，对是否应起用恭亲王作出抉择。是日早，慈禧先召见了倭仁、周祖培、瑞常、万青藜等人，慈禧表示：“恭王狂肆已甚，必不可复用。即如载龄人才，岂任尚书者乎?而王必予之。悖王今为疏争，前年在热河言恭王欲反者非惇王耶?汝曹为我平治之。”
慈禧虽没有参加内阁的会议，但是她的上述意见被倭仁周祖培等原原本本地带到内阁会议上，其倾向已至为明显。十分有趣的是军机大臣文祥也在会议上转达了前一天，即初八慈禧召见他时所表示的：“恭亲王于召见时一切过失，恐误正事，因蔡寿祺折，不得不降旨示惩。当然，惇王折亦不能不交议。两官均无成见，总以国事为重，朝廷用舍。一秉大公，从谏如流，固所不吝。君等固谓国家非王不治，但与外廷共议之，合疏请复王任，我听许焉可也”。文祥所传达的慈禧意见与倭仁、周祖培所转达的完全是两种互相对立的处置方法，诸臣无所适从，不能成议。而初八、初九两天的召见都是由钟郡王奕诒领班，故双方都要钟郡王作证，奕讠合竟谓“固皆闻之”。于是廷臣大哗，众论纷然，不知慈禧的葫芦里究竟装的什么药，只好决定三月十四日再次会议。这种出尔反尔的作法，反映了慈禧每当遇到紧急关头，推卸责任，两面讨好的狡猾态度，从她内心深处讲，是希望罢斥恭亲王的，但是，她又不愿意为此而担负一意孤行，不听群臣意见的恶名。
三月十三日，醇郡王奕譞自东陵返回京师，他在了解了围绕恭王事件所引起的风波后，当即上书慈禧，略谓：“恭亲王事烦任重，其勉图报效之心，为臣民所共见，至其往往有失检点之处，乃小节之亏，似非敢有心骄傲，且被参各款，本无实据，若因此遽尔罢斥，不免骇人听闻，于用人行政，殊有关系，”故请求两宫宽其既往，令其改过自新，以观后效，奕譞此折立论公允，与其说是为奕求情，倒不如说是在为慈禧从长计议，因此，他的意见很容易被慈禧采纳。与此同时，通政史王拯、御史孙异谋亦分别递折，要求对奕从宽处置，“酌赏录用，以观后效”。于是慈禧将醇郡王及王、孙各折一起发下讨论。
三月十四日的内阁会议是一次决定是否继续起用奕的关键会议，会上仍有各种不同的意见：或云家庭之事，人所难争；或云恭王屡招物议，岂尽予虚。倭仁仍坚持慈禧召见他时所表达的意见，起草疏稿，以为醇王等人清宽免恭王之过失之奏疏，可置勿议；而肃亲王隆勤则表示异议，赞同醇王意见，另作一疏，获得多数人赞同。于是，倭仁被迫先后四次修改疏稿，与肃王折同时递上。内阁学士殷兆镛，潘祖荫，给事中谭钟瞵、广成等均有折递上。在为数众多的奏折中，以谭钟瞵、广成之折最为痛切，谓：“若庙堂之上先启猜疑，根本之间未能和协，骇中外之观听，增宵旰之忧劳，于大局实有关系。”
在诸臣为奕鸣不平的同时，一些驻北京的外国使臣“亦询军机事所由”，表现出对奕事件的关切。在这种情况下，慈禧深感众怒难犯，不敢再固执己见，便于三月十六日颁布上渝，恢复恭亲王在总署的职务。慈禧颁布的这道上谕，虽然部分地恢复了恭亲王的职务，但是却没有让奕进入军机处。因此，群臣仍诸多不服，不时有人上折，慈禧才在一个月之后颁谕曰：
“本日恭亲王因谢恩召见，伏地痛哭，无以自容。……今恭亲王既能领悟此意，改过自新，朝廷于内外臣工用舍进退，皆廓然大公，毫无成见，况恭王为亲信重臣，才堪佐理朝廷，相待岂肯初终易辙，转令其自耽安逸耶！恭亲王著仍在军机火臣上行走，母庸复议政名目，以示裁抑。”
围绕蔡寿祺奏折所掀起的轩然火波，最后以双方的妥协而告结束。奕虽然未被推倒，但其权力却大大削弱了。对慈禧来说，她没有料到如此众多的大臣出面为奕求情，而一旦将奕罢斥，尚无一人堪以取而代之。在这场纠纷中，以倭仁为首的守旧势力，对慈禧的意见亦步亦趋，极力迎合，他们的举动表明了对奕、文祥等人所推行的洋务政策的不满，因此，欲藉此机会对奕进行打击，无奈恭王羽翼丰满，“素为中外推重，又为夷人所信服”，要想把奕搬倒，又谈何容易。
慈禧在实行垂帘听政之后，在许多情况下不能与臣工直接对话，而需要由太监转达，这样就使太监的地位显得愈来愈重要，其中不知检束者，往往招摇过市，收受贿赂，从中渔利，尤以安德海为最。安德海，俗称小安子，在“辛酉政变”中曾为慈禧传递音讯，冒死行数百里到京城密召恭王，故在同治初年，安德海尤为得意。为讨慈禧欢心，他投其所好，为之造戏园，导之娱乐，将内务府所存进贡缎疋，裁作戏衣，慈禧有时身着戏装，避于西苑，虽经御史贾铎等人弹劾，而慈禧并不介意。在她的纵容下，安德海更加放肆，竟于同治八年七月出都，乘坐大平船赴苏州采办龙袍，船上有日形三足鸟旗一面，船旁有龙凤旗帜，并带有男女多人，且有女乐，品竹调丝，两岸观者如堵。七月二十一日为安德海生日，竞中设龙衣，男女罗拜。船行至山东之后，地方官便将安德海一行扣留，并急速派人至京师请旨。慈禧闻讯之下，惶骇无措，而慈安太后乃召军机大臣奕等人议之，皆谓：祖制太监不得出都门，擅出者死无赦，应就地诛之。然此谕旨拟好之后，二日未下，醇亲王复争之，始宣布将安德海一行严密查拿，“令随从人等指正确实，毋庸审讯，即行就地正法。”
处死安德海在当时是很得人心的，山东巡抚丁宝桢因办理此案得力，竟成为一时风云人物。而在清廷内部，两宫之间芥蒂日深，慈禧迫于时论，不便公然为安德海开脱，但对慈安与奕的处置却深为不满。
为同治立后和修复圆明园的风波
同治十一年秋，慈禧在为同治帝册立皇后时，又曾出现过小的摩擦。两宫为皇帝立后事发生分歧，慈安倾向于户部尚书崇绮之女，而慈禧则执意立凤秀之女为后，于是由皇帝自行选择。结果皇帝同意了慈安的意见，立崇绮之女为呈后，选凤秀之女为慧妃。亲生儿子不听自己的话，而听命于慈安，这件事使慈禧十分生气，因此于婚后告诫皇帝说：“凤秀之女，屈为慧妃，宜加眷遇。皇后年少，不娴宫中礼节，勿常往其宫，致妨政务”。并且还命太监对皇帝的行踪予以监视。这种粗暴的干预，曾使同治帝非常苦恼，也更使他日益疏远慈禧。
次年正月，同治帝开始亲政。亲政伊始，即颁布朱谕，修复被英法联军焚毁之圆明园，并要王公以下、京外大小官员量力报效捐修。同治帝此朱谕以娱亲为幌子，实际上是厌恶慈禧对朝政及其个人生活的干涉。然而，修园之议却深得慈禧之欢心，故立即派人前往历代承办园工的雷思起俗称“样子雷”家中索取三园全图，准备在十日之内，兴工拆除，尅期修造，务期速成。恭亲王还带头报捐工银二万两。但是，修园计划遭到朝臣的普遍反对。御史沈淮、游百川上书力争，被同治帝驳回。十三年正月十九日，各处工程全面铺开，慈禧与皇帝皆亲自操笔绘图，并进行实地勘察，指挥施工。六月初七，翰林院侍讲学士李文田上书请停园工，认为此举劳民伤财，万不可行，并且尖锐指出：“此皆内务府诸臣及左右之人，熒惑圣听，导皇上以朘削穷民为自利之计。……今俄罗斯诸夷出没何地乎?国帑所积何在乎?百姓皆乐赴园之乎?圣明在上，此皆不待思而决者矣。” 。
李文田的奏折反映了绝大多数臣工的呼声，然而，慈禧诸人仍不省悟，直到李光昭丑闻暴露在光天化日之下，才不得不改弦更张。李光昭，为广东无赖，以巨金贿通内务府官员，被任命为圆明园工程监督，四出招摇，贪污肥己。因向法国商人订购木材，以五万余元之木材诳报三十万两。事情败露后朝野震动，群臣愤怒，兴办园工的内务府成了众矢之的，同治帝迫不得已欲停修圆明园而改修三海，但表示要经慈禧同意之后，工程方可停止，这说明慈禧才是兴修圆明园最高主宰。
自七月中旬以来，以恭亲王奕为首的内外重臣，围绕园工问题与皇帝屡次争执，已引起同治帝反感。七月十八日，同治帝竟痛斥恭王：“此位让汝何如?”二十九日上谕称：“恭亲王无人臣礼，当重处”。晚上交出朱谕一道：朕自去岁正月二十六日亲政以来，每逢召对恭亲王时，语言之间，诸多失仪，著加恩改为革去亲王世袭罔替，降为郡王，在军机大臣上行走。”不料，八月初一又颁朱谕，将悖王、恭王等十位满汉军机等要员均行革职，并欲召六部官员宣布此谕。慈禧与慈安闻讯惶骇不已，急御弘德殿，垂泪安慰恭王说：“十年以来，无恭王何以有今日?皇帝少未更事，昨谕着即撤销”。同治帝反复无常，视国政为儿戏，慈禧对此负有难以推卸的责任。
是年十一月初，这位年轻的帝王染上天花，病势发展很快，朝政已不能亲自处理。慈禧感到局势严重，为了不使大权旁落，又进行了一系列阴谋活动。十一月初八，慈禧将奕誴、奕、奕譞等近支王公与李鸿藻、翁同龢等重臣召至养心殿东暖阁，手持腊烛，让群臣看视皇帝病状。只见同治帝“天颜温悴，偃卧向外，花极稠密，目光微露”，病情已是相当严重。然后慈禧对诸臣说：“数日来甚为焦虑，论及奏折等事，上既未能亲躬裁决披览，尔等当思办法”。诸王奏称：“一切奏折及必应请旨之事，请两宫皇太后权时训谕，俾有遵循”。但是，当诸大臣刚一离开，慈禧又急忙再次将各大臣召回，并谓，“此事体大，尔等当先奏明皇帝，不可径请”。实际上是要群臣正式向皇帝请求，由她出来主持政务。慈禧的这种迫不及待地要求裁决庶政的做法，引起了内外臣工的非议。
同治崩逝，再度垂帘
随着同治帝病情的日益恶化，慈禧昼思夜想，筹划着如何使权力牢牢掌握在自己手里。十二月初五傍晚，紫禁城里气氛极度紧张，同治帝已命在旦夕。慈禧急忙传令，命王公大臣急速赶到养心殿西暖阁。御医李德立急着给皇帝灌“麦参散”，然而，此时的皇帝已是面急苍白，牙关紧闭，气息奄奄了。慈禧一边在哭泣，一边想着后事。突然间，有人惊呼皇帝“六脉俱脱，已崩逝矣。”养心殿内顿时啜泣声大作。慈禧未等群臣散去，即在养心殿升座，她直言不讳地征询群臣意见：“此后垂帘如何?”军机大臣中有人谓：“宗社为重，请择贤而立，然后恳乞垂帘”。亦有人表示应选择近支中年纪稍长者立为国君。慈禧立即反驳：“文宗咸丰帝无次子，今遭此变，若承嗣年长，实不愿。须幼者，乃可教育。现在一语即定，永无更移。我二人同一心，汝等敬听。”随即她宣布了醇亲王奕譞之子载湉继承皇位的决定。
这突如其来的决定，如同晴天霹雳。把群臣惊呆了。醇亲王更是出乎预料。他“惊遽敬唯，碰头痛哭，昏迷伏地，掖之不能起”。后来还是恭亲王奕命令太监将醇王搀扶出宫。慈禧所说的“我二人”，是指她与成丰帝的另一皇后，即慈安太后。其实，慈安对此并无主见，全凭慈禧一人摆布。慈禧的这一决定之所以使群臣震惊，是因为此举为有清一代的历史上前所未有的，而且明显的违背祖制。按照清朝的继位程序，历代都是子承父位。同治帝无子，则应由近支中选择比他小辈的人过继，然后再登天下之位。慈禧却一反祖制，让同治帝之堂弟载湉继承咸丰为帝，完全是出于她的一已之私利。因为这样做一则载湉是她妹妹所生，关系密切；二则其父醇王事事处处俯首听命，比奕恭顺得多；三则载湉只有四岁，国家大权仍由慈禧执掌。慈禧的如意算盘早已筹划好了，因此，同治帝刚一咽气，她立刻宣布，语气坚定，不给群臣以讨论的余地。她的果断决策说明了她在官廷斗争中高超的手腕。
同治帝驾崩的当天深夜，童稚的载湉被从睡梦中叫醒，在大臣与侍卫的簇拥下，由大清门抬进紫禁城，登上了皇帝宝座，年号光绪，由慈禧继续垂帘听政。是日颁布的懿旨谓：
“垂帘之举，本属一时权宜，惟念嗣皇帝此时尚在冲龄，且时事多艰，王大臣等不能无所禀承，不得已姑如所请，一俟皇帝典学有成，即行归政”。
逼死儿媳与慈安暴卒
新皇帝虽已继位，但深宫内部的斗争并未就此结束。对慈禧来说，她腾出手来的头一件事，即是处理同治帝皇后的事。
同治帝生前与孝哲皇后关系融洽，然却不见悦于慈禧。据说，在同治帝生病期间，孝哲后往乾清官视疾，痛诉衷肠，谓不堪慈禧虐待。同治帝安慰她说：“卿暂忍耐，终有出头之日”。不料被慈禧知道了，于是她悖然大怒，“牵后发以出，且痛扶之，传内廷备大杖”。此事促使同治帝病情恶化。同治帝死后，慈禧不为他立嗣，而以载湉继帝位，孝哲后以寡嫂居宫中，地位十分尴尬，加上慈禧之冷嘲热讽，孝哲后涕泣不毕，痛不欲生。一次，孝哲后父亲崇绮入官探视，以其状奏闻，慈禧竟谓：“皇后如此悲痛，即可随大行皇帝去罢”，其赐死之意，至为明显。故崇绮出官未久，孝哲后即吞金身亡。时年仅二十二岁，距同治帝驾崩才七十五天。慈禧在上谕中宣称“毁伤过甚，遂抱沉疴”，完全是欺人之谈，只不过是掩饰其以残酷手段，逼死皇后的遁词而已。
新皇帝登极之后，自应有一番新的展布。慈禧在光绪初年，颇欲有所建树。她一方面千方百计地笼络内外重臣，假以颜色，赐以珍物，要他们为自己效力，另一方面又颁布谕旨，要各地督抚克勤克俭，忠於职守，讲求吏治，以固结民心为本。她在懿旨中称：“巡抚为一省根某，切要不卸责、不因循、不徇情面，如有劣员，即行奏参，切莫不顾民生，上亏国帑。”这些懿旨都反映了慈禧急于求治的心理。
然而，由于清王朝已经到了日薄西山的境地，慈禧即使有再大的本领，也无法使这个病入膏肓的王朝恢复生机。边疆的危机日益严重，宫廷内部的争权夺势也使慈禧伤透脑筋。长时间的操劳与紧张的勾心斗角，终于使慈禧病倒了，而且久治不愈，御医为之束手。
光绪六年，清廷为给慈禧治病，广召天下名医。于是许多有一技之长的名医千里迢迢赶来京师。江浙名医薛宝田，被浙江巡抚谭钟麟推荐给慈禧医病，他在《北行日记》中真实地记述了为慈禧诊治的情形：
“光绪六年八月初六日，至锺粹宫，庭中桂花已放，异香扑鼻，盆内夹竹桃盛开。……是日不垂帘，慈安皇太后正坐，皇上偶坐。皇太后谕以‘慈禧皇太后病要小心看。’复随内务府大臣、太医至长春官。
“皇太后命余先请脉。余起，行至榻前，榻上施黄纱帐，皇太后坐榻中，榻外设小几，几安小枕，皇太后出手于枕上，手盖素帕，惟露诊脉之三部。余屏息跪，两旁太监侍立。余先请右部，次请左部，约两刻许，奏：‘圣躬脉息，左寸数，左关弦；右寸平，右关弱，两尺不旺。由于郁怒伤肝，思虑伤脾，不能荣养冲任，以致胸中嘈杂……。’皇太后问：‘此病要紧否?’奏：‘皇太后万安，总求节劳省心，不日大安。’……皇太后曰：‘我岂不知，无奈不能。’”
此段记载，真实可信，说明慈禧郁怒不解，长期思虑，以致久治不愈。最使慈禧郁怒不欢的是深宫内部的矛盾。光绪帝继位以后，仍然是两宫垂帘体制。慈安见大臣，“呐呐如无语者，每有奏牍，必西宫诵而讲之，或竞月不决一事。……迩年以来，太后益谦让未遑，事无巨细，必待西宫裁决，或委枢府主持”。但是，慈安愈是谦让，却愈是能得人心。慈禧对两宫同时垂帘的状况总是感到不是滋味，尤其是慈安宽厚仁让，深得军机大臣的欢心，甚至连自己的亲生儿子同治帝在立后这样重大的问题上倾向于慈安，所有这些现象都使慈禧感到：慈安的存在就是对自己权力的威胁。慈禧的这种顾虑是由来已久的。于是，在光绪七年二月十一日内廷突然发生了一起人们意想不到的事件。
是日清晨，慈安与光绪帝召见军机大臣，处理政务，“御容和怡无疾色”。慈禧因病久未视朝。但到下午，内廷忽传慈安暴亡，命车机大臣速进宫，及入宫，则慈安已小殓。当时京官们听到太后去世，均以为是久病不愈的慈禧，谁也不曾料到慈安会暴亡。向例，太后有病，先传御医，并召军机悉议其事，药方且由军机检视。时退值方五小时，一向身体健康的慈安忽然暴亡，故大臣皆惊。而且“曩时后妃薨，即传戚属入内瞻视后小殓，历朝以为常。孝贞即慈安薨，椒房无预其事者，众叹为创闻”。慈安时年方四十五岁，关于她的死因，据说是吃了慈禧送去的“克食”，顿觉不适，然医生还没有入宫，即遽然逝去。这种传说，尚无确证，然而揆诸慈禧之为人，心胸狭窄，诡计多端，为争权夺势，是什么事情也干得出的。
“甲申易枢”，再次罢斥奕
慈安的暴亡使慈禧感到十分惬意，但慈禧还有一个“眼中钉”，这就是恭亲王奕。自“辛酉政变”之后，奕既掌管军机，又兼职总理衙门，为朝臣首领二十余年。奕头脑清醒，处事果断，又长于用人，故在执政初期，朝政颇有起色。当时，曾国藩、左宗棠、李鸿章各领一方，兴办洋务企业，力图求强求富，他们的事业得到奕的支持，一时出现了同心协力，力图振兴的气象。可是好景不长，奕即受到慈禧的猜忌和守旧派的攻击，奕譞又推波助澜，于是从同治中叶以后，奕屡遭责难，时而被罢职，时而被训诫，动辄获咎，无所适从，已不敢放手做事。到了光绪初年，慈禧为了进一步牵制奕，有意地在政治上扶持纵容清流派，更使得奕缩手缩脚，敛迹自全。所谓清流派，大多是由一些文人学士组成，他们本身并没有多少权力，但是他们敢于讲话，抨击时政，对于清廷内部的腐败现象敢于揭露，故颇为执政者所畏惧。慈禧正是利用他们敢于讲话的特点，假以颜色，有意笼络。有时他们弹劾的人和事，尚未查覆，慈禧即颁诏处置，故一时言路生风，无所顾忌。
光绪十年三月，清流派中的活跃人物、日讲起居注官盛昱上书清廷，指责以奕为首的军机大臣用人不当，在广西、云南的中法冲突中坐误事机，蒙蔽推诿，导致北宁失守，疆事败坏，要求将军机大臣及滥保匪人之张佩纶交部严加议处，责令戴罪图功，认真改过；还要慈禧明降谕旨，力坚战议，宣示天下，中外大小臣工敢有言及弃地赔款者，即属乱臣，立置重典。盛昱的这次上书犹如在平静的湖面中投下巨石，引起了强烈反映。慈禧连续召见醇亲王奕譞，进行紧急榷商，决定利用这个机会惩治奕，并于三月十三日颁旨称：
“恭亲王奕诉等始尚小心匡弼，继则委蛇保荣，近则爵禄日崇，因循日甚，每于朝廷振作求治之意，谬执成见，不肯实力奉行，屡经言者论列，或目为壅蔽，或劾其委靡，或谓篮簋不饬，或谓昧于知人。本朝家法甚严……奕着加恩留世袭罔替亲王，赏食亲王全俸，开去一切差使，并撤去恩加双俸，居家养疾。”
其余军机大臣亦全部罢免。一日之间，所有军机处成员尽行黜退，这是晚清历史上一件骇人听闻的事件，史家称之为“甲申易枢”。取而代之的军机大臣是礼亲王世铎，户部尚书额勒和布、阎敬铭，刑部尚书张之万，工部左侍郎孙毓汶，刑部右侍郎许庚身，并目．命令军机处遇有紧要事件，会同醇亲王奕譞商办。奕譞以其子为皇帝，不能兼任军机，但有“商办”之名，实际上是隐操行政大权。新任的军机大臣除阎敬铭以清白孚众望外，其余大多为昏庸贪卑之徒，其行政能力远不如以恭王为领班的原军机大臣，故时人谓此举是“易中枢以驽产，代芦服以柴胡，所不解也。”李慈铭《越缦堂日记》，光绪十年三月十七日并认为此次政潮，名义上是争法越和议，“实则恭醇兄弟之争也”。慈禧与醇王各怀鬼胎，但在排斥恭王这一点上却是一致的。他们的联合行动终于如愿以偿，将奕打入冷宫。然而，“甲申易枢”给晚清朝政却带来深远影响，它更趋窳败，更加腐朽。
慈禧把奕诉排挤出军机、总署后，在一个时期内依赖醇王奕譞主持朝政。但是，奕谖亦深知慈禧之为人，故惴惴然如履薄冰，日子并不好过。在他执政的六七年中。办了两件大事，一是根据慈禧旨意，总理北洋海军事宜；二是修建了颐和园。修园子缺乏经费，奕譞又不得不昧着良心，挪用海军经费广开“报效”之门。为掩人耳目计，在昆明湖办起了内外水操学堂，以练水操的名义加紧了修建工程。尽管如此，他仍担心为世人唾骂，故请奕劻代他向翁同龢等人转达“以昆明易渤海，寿山换滦阳”的苦衷；另一方面又要硬着头皮，讨好慈禧。光绪十二年三月二十日慈禧颁旨，赏给醇王及其福晋“均可乘坐杏黄轿”，奕譞即上书恳请收回成命，“请词恳切，出于至诚”。慈禧称讚他“忠勤诚敬”，“足为懿亲矜式，垂诸史牒，实为从来所未有”。
不久，慈禧又面谕醇王及军机大臣世铎等谓：自本年冬至大祀圜丘为始，皇帝亲诣行礼，并著钦天监选择吉期，于明年举行亲政典礼。慈禧此举，言不由衷，完全是对奕譞等人的一种试探，故奕譞、世铎等再三恳辞，光绪帝亦长跪请求收回成命。奕譞还与军机大臣联名上书，请慈禧体念时艰，从缓归政，甚至称：“宫廷政治，内外并重，归政后当永照现在规制，凡官内一切事宜，先请懿旨，再于皇帝前奏闻，俾皇帝专心大政”。经过一番忸怩作态之后，慈禧终于颁布懿旨，谓“何敢固恃一己守经之义，致违天下之众论，勉允所请，于皇帝亲政后再行训政数年”。次年冬，奕譞以忧劳成疾，慈禧在一个多月的时间内连续赴醇王府邸看视五次，其优礼之隆，远过寻常。
但是，随着光绪帝一天长大成人，慈禧愈来愈感到权力受到威胁。奕譞虽然尽了很大的努力，修好了颐和园，然而，那里的秀丽景色却无法吸引慈禧。对慈禧来说，世界上没有任何东西能比手中的权力更值得留恋，因此，她要不择手段地保持自己的权势。为了在归政之后，仍然能够了解政治动向以及皇帝的日常活动，她不顾光绪帝的意愿，强行将自己胞弟桂祥的女儿确定为光绪帝的皇后即隆裕，而将皇帝喜欢的长叙的两个女儿封为瑾嫔、珍嫔。光绪十五年正月二十六日，紫禁城里张灯结彩，披红挂绿，充满了喜庆气氛。慈禧亲自主持了光绪帝的大婚典礼。但是，这场盛大的婚事却没给清官带来多少喜悦，倒是增添了许多烦恼。为了表示对慈禧包办婚事的抗争，光绪帝藉口有病，撤销了宴请那拉氏家族的盛会，次日将宴桌分送给在京的王公大臣，然而光绪帝颁布的谕旨却未提后父、后族，故翁同龢在其日记中记载：“因撤宴，外间不免讹言”。母子不和导致了夫妻反目，困扰晚清官廷的帝后党争，在此时已种下了根苗。
光绪十六年醇王奕譞病重，慈禧此时对醇王一家已有猜忌之心，故极少看视。据金梁《四朝佚闻》记载：“王晚年忧畏尤甚，虑触太后，不敢面帝，至使问皆不容直达”。直到奕譞病势危殆，已至弥留时，慈禧才“携帝临视，父子相对无言，太后再问又何遗嘱，王强语帝以孝感，几不成声。尔后帝思再往，终不获许”。由这些记载不难看出，慈禧与光绪之间矛盾已是相当的尖锐了。
“万寿无疆”，三军败绩
光绪二十年十月初十是慈禧的六旬庆典，喜好虚荣与铺张的慈禧决意仿照乾隆年间成例，自西华门至西直门，将两旁街道铺面加以修葺，并加盖经坛、戏台，分段点设景物。慈禧还要在颐和园举行庆祝活动，规模比乾隆朝还要盛大。为了举行这次庆典，慈禧早在光绪十八年即开始筹备，要军机大臣、大学士和各部尚书“恪恭将事，博稽旧典，详议隆仪”，并要自己的心腹太监李连英参加庆典的筹备。从光绪二十年正月起，慈槽就接二连三地颁布谕旨，要各地督抚进贡物品，报效银两，并且下令每省派三名官员进京祝嘏。
正当慈禧大肆铺张准备庆典之际，日奉侵略者利用“东学党”起义，出兵朝鲜，并对驻朝鲜清军进行突然袭击，击沉高升号运兵船，然后挥师北上，占领平壤，战火很快烧到中国边境。战事初起，慈禧以为日本蕞尔小国，不足畏惧，故同意光绪帝的主战意见，于是清廷于七月初一对日本宣战。但是，随着前线败讯不断传来，慈禧又转而支持李鸿章避战求和的方针，在战与和的问题上与光绪帝产生了严重分歧。她尤其担心这场战事会影响自己的六旬庆典，因此希望直隶总督李鸿章与列强使者周旋，通过以夷制夷的办法结束战争。在慈禧主和思想影响下，军机处发生分裂，孙毓汶、徐用仪亦力主早日结束战事，与支持光绪帝主战的翁同龢、李鸿藻形成了截然对立的两个派别。
光绪帝为了向慈禧施加压力，利用召对的机会讽示内外臣工，多上主战条陈，并且还让翁同龢、丈廷式等帝党官僚出面，请求恢复恭亲王奕的职务，希图借助奕的势力，影响牵制慈禧。
恭王被慈禧打入冷官长达十年之久。当初曾经发出“猛拍阑干思往事，一场春梦不分明”的慨叹，但是，在甲午年被帝党官员吁恳复职以后，已是老气横秋，没有丝毫锐气，惟慈禧之马首是瞻，不敢越雷池一步。他的表现使光绪帝及其同僚感到十分失望。与此同时，在帝党官僚文廷式、李盛铎等人带头鼓动之下，南书房、上书房以及其他翰林、台谏官员每日轮流呈递封奏，主战呼声，盛极一时。这些上书的文人学士愤怒地抨击主和派，指责他们“挨次朋比，淆乱国是，若不精白乃心，则列祖列宗在天之灵必诛殛之”。他们也强烈要求停止点景，将铺张庆典之款移作军费。他们甚至将批评的矛头公然对准慈禧，直言不讳地指出“又谓和议出自皇太后，太监李莲英实左右之”。“皇太后既归政皇上，若仍遇事牵制，将何以上对祖宗，下对天下臣民?”
这些尖锐的批评，深深地激怒了慈禧，但是迫于舆论的压力，又不得不作出采纳众论的姿态，她在懿旨中说：
“自六月后，倭人肇衅变乱，藩封寻复，毁我舟船，不得已兴师致讨。刻下干戈未戢，征调频繁，……兹者庆辰将届，予以何心侈耳目之观，受台莱之祝耶！所有庆辰典礼，著仍在宫中举行，其颐和园受礼，宜即行停办”。
慈禧在舆论压力下，虽然撤去颐和园受贺，但宫中庆典仍照常举行。自九月二十五日以后，慈禧下令王公大臣及各省派京祝嘏人员将六旬万寿贡品络绎不绝地抬进皇宫。十月初十，慈禧在紫禁城升殿受贺，大宴群臣之际，传来了旅大被日军攻陷的消息，以至后来在京师城门口出现了“万寿无疆，普天同庆；三军败绩，割地求和”的对联，表现了对慈禧的强烈不满。
庆典草草收场后，慈禧迁怒于光绪。当初她曾扬言：“今日令我不欢者，吾亦将令彼终身不欢”。光绪帝及其臣僚的表现使慈禧极为生气，于是她寻找藉口于十月二十八日晚将光绪帝喜爱的珍妃“褫衣廷杖”，肆行羞辱，并于次日于仪銮殿召见枢臣谓：“珍瑾二妃，祈请干预，种种劣迹，即著缮旨，降为贵人”。两天后又召枢臣，谓二妃“种种骄纵，肆无忌惮。因及珍妃位下太监高万枝，诸多不法，若再审问，恐兴大狱，于正体有伤，可即日正法"。后在军机大臣翁同龢的劝解下，将太监高万枝关进内务府审刑司，数日后当众杖毙于阶下。为了使珍瑾二妃驯服，慈禧还别出心裁，要内务府将其懿旨写成禁牌两面，分别悬挂于二妃之卧室。该懿旨谓：
“奉皇太后懿旨：皇后有统辖六宫之责，俟后妃嫔等如有不遵家法，在皇帝前干预国政，颠倒是非，着皇后严加访查，据实陈奏，从重惩办”。
接着慈禧又将在热河练兵的二妃胞兄志锐召回，发配为乌里雅苏台参赞大臣。还准备裁撤满汉书房，进一步孤立光绪帝，后经奕请求，汉书房暂得保留。
随着刘公岛的陷落，北洋海军的覆灭，慈禧已不顾光绪帝的一再反对，要已被“拔去三眼花翎，褫去黄马褂”的李鸿章去日本议和。光绪二十一年正月二十七日，慈禧下令开复李鸿章革职留任的处分．着他迅速来京请训。奕劻谓：“上意指光绪不令来京，如此恐与早问所奉谕旨不符”。慈禧则谓：“即请旨，我可作一半主张也"。当李鸿章签署的《马关条约》传到北京后，帝党官僚同声反对，要求废约再战的呼声响彻京师，光绪帝亦颇想毁约再战，并希图通过俄、德、法三国进行干预，遭到了慈禧的否决。据新近发现的杨锐写给沈曾植的一通密札记载，和约的最后签署是由慈禧决定的。该信称：
“今晨军机散值，孙毓汶、徐用仪即呼章京之书法敏捷者，急缮电报与伍延芳按：清延换约大臣一切照原议换约。并闻恭邸云：‘三国来电，意见亦不同，将来恐生枝节，不如仍旧为便。’此大栈要人，通内取长信之旨，胁为此言耳。费尽愚公移山之力，不成虞渊取日之功，天实为之，谓之何哉?此后即拟披发山林，不思见荆棘铜驼之惨也。”
信中所说“长信”，原意指长信宫，汉代太后宫中处所，此处则指慈禧。可见，正是慈禧不顾朝野上下的一片反对声讨，甘愿割弃台湾，屈辱求和。
扼杀戊戌维新运动
《马关条约》签署后，全国上下感愤国耻、变法图强的呼声极为强烈。光绪帝在维新思想之影响下，也知道非实行新法不能立国，并颁布一系列图强上谕。他说：“当此创巨痛深之日，正我君臣卧薪尝胆之时，尤其应当上下一心，图自强而弭祸患”。其变法图治之心已跃然纸上。慈禧对此颇不以为然，在她的威胁下，以变法维新为宗旨的京师强学会被迫解散，又于光绪二十二年二月十七日将光绪帝亲信大臣文廷式“以遇事生风，议论时政，联名执奏”为理由，革职永不叙用。她重用李鸿章，派其出使俄国，与俄国签订了出卖国家权益的《中俄密约》。据清宫记事杂档所载，慈禧还特意召见皇上与军机大臣，告知他们：凡是致俄国的国书，必须加署慈禧皇太后名号，而且要署皇帝之前。这异乎寻常的举动说明了慈禧希图借助俄国的势力，来巩固自己的统治地位。可是，《中俄密约》非但未能保证中国数十年太平无事，反而加速了民族危机的到来。
光绪二十三年十月，德国出兵强占胶州湾，俄国以保护中国为名，强行租借旅顺大连湾，其他列强亦纷纷要求割地，亡国灭种的危机笼罩着神州大地。维新志士康有为伏阙上书，请求尽快仿照日本的明治维新进行变法，否则亡国大祸就在眼前，光绪帝颇为所动，他要庆亲王奕劻转告：“太后若仍不给我事权，我愿退让此位，不甘作亡国之君”。面对瓜分豆剖的危迫局面，慈禧也感到了一种前所未有的危机感，她仔细阅读了光绪帝转呈的康有为的奏折及其所进呈的《俄彼得变政记》、《日本变政考》等书，觉得康有为所讲亦不无道理，因为“措天下於磐石之安”也是她自己的愿望，于是他同意了光绪帝变法的请求，并且声称“苟可致富强者，儿自为之，吾不内制也。”到了戊戌四月二十三日，御史杨深秀、学士徐致靖请明定国是，得到了慈禧的首肯，并谓“今宜讲西学，明白宣示”。正是在慈禧的赞同下，光绪帝才颁布了明定国是诏书，轰轰烈烈的百日维新由此揭开了序幕。
然而，慈禧虽然同意光绪帝进行变法，却依然担心大权旁落，为此，她又让自己的亲信荣禄出任直隶总督，兼领北洋三军，以防不测；又令凡补授满汉侍郎各官，均于具折后诣皇太后前谢恩，实际上等于把军政和人事大权仍然操在自己的手中。变法开始后，大学士徐桐与江西道御史王鹏运诸人，接二连三地弹劾户部侍郎张荫桓，谓其“居心贪鄙，不恤国家”，贪污洋债回扣，擅自增加赫德等洋员薪水，且有私改合同、挟洋自重等劣迹，要求将张荫桓“立予严谴，禁锢终身，勿贻肘腋之忠。”张荫桓，字樵野，广东南海人，曾出使外洋，晓然于欧美富强之机，每为皇上讲述，故与光绪帝及康有为诸人关系密切，但却为慈禧所憎恶。五月初六，慈禧以朝臣劾张，拟予严惩，并派步军领统率员包围查抄张荫桓之家，后经军机大臣廖仲山与满人立山再三恳求收回成命，而张荫桓在闻讯之后亦急求庆亲王奕劻向慈禧进奉白银十五万两，慈禧方打消严惩张氏的念头。
百日维新进行过程中，充满了革新与守旧势力的激烈争夺。维新派企图通过光绪帝“重起天地，再造日月”，实行彻底的改革，但这种改革势必触犯守旧派的既得利益。于是，这些顽固大臣纷纷跪请慈禧出面干预。慈禧则胸有成竹地回答，“等等年，俟办不出模样再说。”到了七月，慈禧感到局势愈来愈严重，有两件事使慈禧十分气愤。其一是礼部主事王照上书，遭到社旧的礼部堂官怀塔布、许应骙的阻挠，公然对抗光绪帝允许士民上书的谕旨。光绪帝闻讯之后，颁布朱谕，将狃于积习、阻挠王照以破格之赏。事发后，怀塔布的妻子亲赴颐和园哭诉。慈禧在详询本末之后，安慰她暂且忍耐。其二是光绪帝排斥守旧的军机大臣刚毅等人，而根据维新派的建议主，将杨锐、刘光弟、谭嗣同、林旭四人拔擢为军机章京，命其竭力赞襄新政，大有将守旧大臣架空之势。
光绪帝愈是不顾守旧派的反对，放手办事，就愈是惹起慈禧的愤怒。到了七月下旬，慈禧的愤怒简直无法忍耐。七月二十六日，光绪帝根据康有为的建议，令在天津小站练兵的袁世凯来京，并连续召对，破格拔擢为候补侍郎，要袁与荣禄各办各事，实际上暗示不受荣禄节制。新党的这一举动引起了慈禧的惊疑，因为在新旧两党尖锐对立的情况下，召见掌握重兵的统帅，其动机是不言而喻的。
七月三十日光绪帝又来到颐和园，向慈禧正式提出请求，欲在官内开懋勤殿，而参预懋勤殿事宜的又是康有为、梁启超、康广仁等。要这些人到皇宫入值讨论决定国家政事，是维新派从变法一开始就再三请求的，因受到守旧大臣的压制未能实行。在守旧开新矛盾已十分尖锐的情况下，光绪帝再次提出类似请求，使慈禧怒火中烧。她非但没有同意皇帝的请求，反而予以痛斥。慈禧的态度转变使光绪帝惶悚不安。他已经感觉到局势之严峻，当晚即传出衣带诏，渭：“朕位且不能保，何况其他?今朕问汝，可有何良策，俾旧法可以全变……朕实不胜十分焦急翘盼之至。”
戊戌八月初，北京的局势极度紧张，城门紧闭，人心惶惶，改革与守旧两派都在暗地加紧准备，政变已成密云欲雨之势。突然日本卸任首相伊藤博文以游历来到北京，使局势更趋复杂。光绪帝与新党欢欣鼓舞，以为可以借伊藤之力说服旧党，推行新政；慈禧则如坐针毡，惶惶不安。她特别担心新党同外国势力结合起来，使局面失去控制。当时，许多臣工呈递奏章，吁请将伊藤留在京师，令其参预新政，并认为这是中国转贫为富、转弱为强的关键，而且光绪亦决定八月初五于官内召见伊藤。局势的发展使慈禧感到焦虑万分。八月初三，慈禧在颐和园接到由奕劻转呈的杨崇伊的密折，该密折谓：
“风闻东洋故相伊藤博文即日到京，将专政柄，伊藤果用，则祖宗所传之天下，不啻拱手让人”。
慈禧接受了杨崇伊的建议，决定采取紧急措施，即日训政。她于八月初四傍晚出其不意地赶回皇宫，将光绪帝幽禁。
就在杨崇伊递折的当天晚上，军机章京谭嗣同根据康有为的建议，叩响了法华寺的大门，叫醒了睡梦中的袁世凯，要他派兵包围颐和园“铜后杀禄”。狡猾的袁世凯虽未表示反对，但当谭嗣同离去后，他出尔反尔，向直隶总督荣禄紧急告密，出卖了维新派。而荣禄又将袁之告密迅速转告慈禧。慈禧当机立断，携带随从，直抵皇上寝官。“尽括章疏携之去”，召光绪帝怒诘曰：“我扶养汝二十余年，乃听小人之言谋我乎?”皇帝吓得一言不发，良久嘬嚅日：“我无此意”。慈禧谓：“痴儿，今日无我，明日安有汝乎?”她囚禁了光绪帝，并颁布上谕，从八月初六再度训政。即日在便殿办事。
庚子酿祸
“求治翻为罪，称疾诏书哀。”慈禧在重新训政后。立即开始对维新派进行报复。光绪帝被囚禁于南海瀛台，谭嗣同等六君子惨遭杀戮，许多与变法有关系的官员遭受株 连，北京城呈现出一种前所未有的恐怖气氛。一场轰轰烈烈的变法维新运动转眼间被扼杀，所有新政措施几乎全部被废除。慈禧还要进一步加害光绪帝，必欲置之死地。八月初十，她以光绪帝名义颁布诏书，谓“朕自四月以来，
民教民一视同仁。而刚毅本人则特别希望利用义和团排外，因此行抵涿州后，非但允诺义和团继续存在，而且停止清军对义和团的镇压，并将部分清军调走。
慈禧及其亲信对义和团策略的转变，使广大团民大涌入北京。“官兵任其猖獗，城门由其出入”，甚至连有的王府也设立了“坛口”，宫中的太监也开始练拳。在守旧派带动下，义和团和董福祥的士兵开始攻击使馆与教堂，列强则纷纷要求派兵进京，中外矛盾处于十分尖锐的状态。为了讨论和战与剿抚问题，不贻人以一意孤行之讥，慈禧决定“发扬公论”，从光绪二十六年五月二十日起，连续四次在西苑仪鸾殿东室召开有王公大臣、六部九卿参加的御前会议。会上，两种意见激烈争论：太常寺卿袁昶以为义和团法术不足恃，应予剿除。慈禧则进行反驳，谓：“法术不足恃，岂人心亦不足恃乎?今日中国积弱已极，所仗者人心耳。”其倾向已至为明显，因此使守旧派占了压倒优势。端
王载漪为了使其子溥 早日继承皇位，在御前会议上攘臂主战，极为活跃。尽管光绪帝一再反对，但终归无济于事。五月二十三日，慈禧收到直隶总督裕禄送来的六百里加急公文：报告了法国驻津领事杜士兰照会，谓各国水师提督统领限期进攻大沽口炮台，“盛气凌人，无理已极”。这更使慈禧感到气愤。于是她下令驻京各公使及眷属人等于24点钟内“即速起程，前赴天津”，并要天津官员急招义勇，共同对敌。第二天，直隶总督裕禄夸大其词的《接仗获胜折》向慈禧谎报战功，并谓义和团情愿报效朝廷，义形于色，“民心极固，军气甚扬”，甚至“髫龄童子，亦知持干戈以卫社稷。"裕禄的这个“获胜折”大大助长了慈禧的侥幸心理，认为洋兵不堪一击，义和团足以御敌，于是她决心向各列强同时宣战。她在御前会议上大声说：“今日之事，诸大臣皆闻之矣，我为江山社稷，不得已而宣战，……诸公今日皆在此，当知我苦心，勿归咎予一人，谓皇太后送祖宗三百年天下”。慈禧终于采纳了载漪、刚毅诸顽固大臣意见，颁布了宣战诏书，谓“与其苟且图存，贻羞万古，孰若大张挞伐，一决雌雄。”
慈禧的宣战诏书，没有说向谁宣战，也没有送到任何一个国家的外交官手里，只不过是慈禧导演的一场闹剧。诏书甫颁，即传来大沽失陷、天津作战失利的败讯，色厉内荏的慈禧在荣禄的劝说下，又赶忙收场，要荣禄派人在东交民巷使馆前树立木牌，上书“钦奉懿旨，力护使馆”，又向洋人解释“中国即不自量，亦何至与各国同时开衅？”并不断往东交民巷的外国使馆运送瓜果蔬菜，以示慰问。
慈禧的两面派态度并未能阻止列强的侵略，八国联军由大沽口登陆后占领天津。慈禧惊慌失措，一面要各地将军、督抚，将和之一字先行扫除于胸中，一面打算要李鸿章接任直隶总督，准备与洋人谈判，幻想俄国出面，排纷解难。在战事紧急之际，慈禧竞于上谕中称：“天津事机紧迫，闻五台山南山极乐寺僧普济，戒律精严，深通佛法，该僧现在天津，著裕禄传旨，谕令该僧联属义和团民，设法堵击”，并郑重其事地要军机大臣启秀亲自办理。然而，无论是义和团的法术，还是慈禧的权谋，都未能阻止八国联军的炮火。七月十八日，侵略者占领通州，京官们纷纷逃走，京师一片兵慌马乱。慈禧于七月二十日连续五次召见军机大臣，至亥刻，仅有刚毅、王文韶、赵舒翘入见，慈禧已决计出逃，谓：“只剩你三人，务须随驾，其余之人各自回家，已丢下我母子不顾矣。”是日夜，炮声不断，火光四起，俄兵已攻入东便门，天刚亮慈禧即率光绪帝及大阿哥等仓皇辞官，夺路而逃；在出神武门之前，珍妃苦苦哀求将皇帝留京，以与外洋交涉。此举使慈禧大怒，立命太监将珍妃投入井内，其凶狠歹毒，简直无以复加。
慈禧等狼狈出逃后，连日奔走，不得饮食，既冷且饿。经怀来到宣化，由宣化而太原，饱尝奔走之苦。八月十四日，慈禧在原平县颁布谕旨称：
“此案初起，义和团实为肇祸之由，今拔本塞源，非痛加剿除不可。直隶地方义和团蔓延尤甚，……饬地方文武严行查办，务绝根株。倘仍有结党横行，目无官长，甚至抗拒官兵者，即责成带兵官实力剿办，以清乱源而安氓庶。”
慈禧始而欲利用义和团之力量排外，以图发泄私愤；继而又将一切过错归咎于义和团，两面三刀，出尔反尔。接着又按列强提出的条件赔款惩凶，将原先所信赖之大臣刚毅、赵舒翘、载漪、载勋诸人分别赐死与流放。又于十二月二十六日在西安行在颁发上谕，强调“固邦交，保疆土”，表示将“量中华之物力，结与国之欢心”，全面向帝国主义屈服，同意接受列强提出的苛刻条款，并签订了《辛丑条约》。
晚年推行的“新政”
庚子事件对慈禧刺激极深，她常对侍臣说：“吾不意乃为帝笑九”。其愚昧祸国之举动，自揣难以见谅于臣民，于是，光绪二十六年十二月初十在西安行在发布变法图强诏书，认为应取外国之长，乃可补中国之短；惩前事之失，乃可作后事之师，命各督抚各就现在情形，参酌中外要政，对朝章国故，吏治民生，学校科举等项提出改革建议，并于次年春成立了督办政务处，作为推行“新政”的专门机构，派奕劻、李鸿章、荣禄、王文韶、鹿传霖为督办政务大臣，两江总督刘坤一、湖广总督张之洞遥为参预。大有“母子一心”，“卧薪尝胆”的架式。
然而，慈禧为一己之私利，扼杀戊戌新政，遂致酿成庚子之祸，错过了更张图强的有利时机，清王朝大失人心，虽欲挽救，但已追悔莫及。以孙中山为首的革命派正在不断发展壮大，清王朝象是快要倒坍的大厦。光绪二十七年冬，慈禧与光绪一起取道河南，回到京城，采取了一系列“新政”措施，诸如废除武科，编练新军，创办学堂，整顿吏治，振兴商务。但是，这些措施收效甚微。面对日益高涨的革命运动，统治阶级中的一些有识之士，建议慈禧对封建政体进行更张，“仿英、德、日本之制，定为立宪政体之国”，否则，外侮日逼，民心谅惧相顾，危机一旦爆发，“雾非宗社之福”。发出这种呼吁的，既有汉族官僚，如孙宝琦、岑春煊、张之洞等要员，也有慈禧所信赖的满人官僚如端方等，这些接连不断的奏请引起了慈禧的深思与重视。
两害相权取其轻。富有行政经验的慈禧，经过反复斟酌，觉得与其被人革命，毋宁接受立宪，尤其是在中国东北发生的日俄战争中，日本大获全胜，而日本所奉行的正是立宪政体，这更加促使慈禧倾向立宪。光绪三十一年六月十四日，经过慈禧的允诺之后，光绪帝颁布了一项重要的上谕：
“方今时局艰难，百端待理，朝廷屡下明诏力图变法，锐意振兴。数年以来，规模虽具而实效未彰，总由承办人员向无讲求，未能洞达原委。……兹特简载泽、戴鸿慈、徐世昌、端方等，随带人员，分赴东西洋各国，考求一切政治，以期择善而从”。
这道上谕是一个重要的信号，说明慈禧已经准备对封建的君主政体进行一番更张。国内不少人为之兴奋，以为中国必将有大的改革， “人心思奋，气象一新”。
翌年夏季，出洋考察宪政的五大臣归国。载泽迫不及待地向慈禧呈递密折，称实行立宪可使君位万世不变，皇位永固；可使外患减轻，列国之鄙我者，转而敬我；可使革命消弭，自然冰消瓦解，并建议宣布立宪，只为明确宗旨，“至于实行之期．原可宽以年限”。载泽是皇族近支，讲得如此娓娓动听，慈禧自然不能不作认真考虑。经过一个多月的反复琢磨，慈禧听取了各种人物的意见之后，才于光绪三十二年七月十三日颁布了审慎的上谕：
“时处今日，惟有及时详晰甄核，仿行宪政，大权统于朝廷，庶政公诸舆论，以立国家万年有道之基。但目前规制未备，民智未开，若操切从事，徒饰空文，何以对国民而昭大信?……俟数年后，规模粗具，查看情形，参用各国成法，妥议立宪实行期限，再行宣布天下”。细玩此谕，可知慈禧对立宪并不放心，仅将立宪一固皇权、对付革命的手段。这就注定了慈禧在这方
张之洞：“自古以来，大臣不和最为大害。近日互相攻击，多是自私自利，臣此次到京，愿极力调和，总使内外臣工消除意见。”
慈禧：“出洋学生排满闹得凶，如何了得？”
张之洞：“只须速行立宪，此等风潮自然平息。出洋学生，其中多可用之材，总宜破格录用。至于孙汶（指孙中山——作者在海外，并无魄力，平日虚张声势，全是臣工自相惊扰”。
慈禧：“立宪事我亦以为然，现在已派汪大燮、达寿、于式枚三人出洋考察，刻下征在预备，必要实行”。
张之洞：“立宪实行，愈速愈妙，预备两字，实在误国，派人出洋，臣决其毫无效验……现在日日言预备，遥遥无期，臣恐革命党为患尚小，现在日法协约、日俄协约，大局甚是可危，各国均视中国之能否实行立宪以定政策，臣愚以为万万不能不速立宪者此也。”
慈禧：“现在用人很难，你看究竟能大用者几人?”
张之洞：“此事仓猝间不敢妄对。”
慈禧：“徐世昌如何？近来参他的人很多。”
张之洞：“徐世昌未始不可大用，总之太得意，阅历太浅。”
慈禧：“岑春煊如何?”
张之洞：“岑春煊极有血性，办事勇敢，但稍嫌操切，然当今人才难得，投置闲散亦殊可惜。”
慈禧：“林绍年如何?”
张之洞：“林绍年才具开展，操守极好。”
慈禧：“庆王如何?”
张之洞：“奕劻阅历甚深，稳当有余。”
慈禧：“赵尔巽能胜湖广总督之任否?”
张之洞：“赵尔巽才堪应变，任湖广总督绰绰有余。但臣愚见，鹿传霖拜跪艰难，不如简任湖北。以赵尔巽调度支部，使之整顿财政。载泽人极开通，可调农工商部。溥廷页人极颟顸，公事不甚了了，农工商部诸事废弛，部务非其所长。”
慈禧：“再派王公出洋如何?”
张之洞：“王公出洋匆匆游历，决不能有所得，侍从多人，徒招外人訾议，不如减少随从，宽以时日，留学数年，庶有心得，且亦可省经费。”
慈禧：“你说的何尝不是，他们这般人，享惯了福，如何办得到?”遂命退下。未刊稿本
慈禧与张之洞的这番对话，十分重要，既涉及到当时清廷上层人事间复杂关系，又可表明她对立宪所持态度。张之洞与慈禧各有各的打算，彼此政见亦有不小区别，可以说慈禧对于立宪一事，是被张之洞等官僚和当时迅猛发展的立宪运动推着向前缓进的。
历史的发展是不以个人意志为转移的。慈禧为巩固大清王朝的长远利益，对立宪曾表示了一定程度的支持，但是步子迈得太小了，而历史的发展却迅猛异常。光绪三十四年六月初，预备立宪公会郑孝胥、张謇、汤寿潜电请速开国会，以二年为限；随后，政闻社社员法部主事陈景仁奏请三年内开国会，并要求将态度消极的于式枚革职，以谢天下；七月十五日各省代表又联名上书宪政编查馆请立即开国会；次日山西代表的请愿开国会书签名，各省竟有两万人。形势发展之快，大大出乎慈禧所料。要求民主的呼声愈高，慈禧愈加感到君权受到威胁，她甚至有些后悔，当初不应该允许实行宪政，而现在却已是箭在弦上，大局难以控制。她在万般无奈的情况下，于八月初一颁谕，同意“自本年起，务在第九年内，将各项筹备事宜，一律办齐，届时即行颁布宪法，召开议会”。然而，这一纸空文难以平息愈来愈猛烈的立宪风潮。
繁忙的国事使慈禧心力交瘁，自光绪三十四年六月，慈禧开始患病，“两目垂重，肢节软倦"，稍后又开始腹泻，虽经太医张仲元等精心调理，仍是久治不愈，进入冬天后又感染咳嗽，头痛目倦，面目浮肿。十月十日是她的七十四岁生日，由于疾病缠身，且光绪帝亦患重病，于是改为只在内廷行礼。
临终前又立一个小皇帝
慈禧与光绪帝均患重病，且经常辍朝，使整个京城都弥漫着一种紧张不安的气氛。慈禧虽然患病数月，头脑仍十分清楚。她深知“皇帝之病，必不能愈”，而自己亦年老体衰，因此皇位的继承已成为一个刻不容缓的问题。她也知道许多人的眼睛都在盯着太和殿里的宝座，然而此位究竟让谁来坐，这个至关重要的问题，慈禧已经考虑了很久了。
十月十四日，终夜北风呼啸，京师街道上满地落叶，一片萧杀气象。慈禧于是日清晨在病榻上召见了庆亲王奕劻，要他兼程赴河北遵化县的普陀峪地官，查看陵寝工程，这是慈禧在数十年前耗费大量银两，为自己兴修的陵寝。庆亲王奉命之后，未敢稍作停留，即携带随从出发了。消息传出，朝士惊惶，虑有非常之变。其实，这是慈禧安排的调虎离山之计，在奕劻离京之后不几天，慈禧即发布懿旨，命醇亲王载沣之子溥仪，在宫内教养，并在上书房读书；同日又颁布懿旨，命醇亲王载沣授为摄政王。奕劻是军机首辅，朝野内外，私党蝟集，慈禧为了按照自己的意愿，实现皇位的顺利交接，因此在光绪帝病重之际，借故将奕劻派往普陀峪。
十月二十日下午，紫禁城内气氛极度紧张，光绪帝病情转重，一度昏迷不醒。慈禧病情亦骤然恶化。下午两点钟，慈禧紧急召见军机大臣，商议皇位的继承问题，她周身疼痛难忍，然而神志依然清醒。她命令醇亲王载沣立刻回府，抱阿哥溥仪入宫，并明白宣示，例行公事将由摄政王载沣代行。至二十一日傍晚酉刻光绪帝便“龙驭上宾”了。年甫三龄的溥仪正式登上皇帝之位，并且由摄政王载沣报着朝见慈禧，请安行礼。年号定为宣统，兼祧光绪与同治，慈禧被尊为太皇太后。
至于慈禧为什么把宝座让给溥仪，原因是多方面的。溥仪的父亲载沣，是光绪帝同父异母兄弟，其母亲又是慈禧的亲信重臣荣禄的女儿。“丁未政潮”后，奕劻声名狼藉，载沣进入军机，实际上已经暗示着载沣将成为清王朝的主宰者。然而，以后的实践证明，才能平庸的载沣是难以肩负如此重托的。
次日清晨，小皇帝再度来到西苑仪鸾殿向慈禧叩头请安。下午慈禧病情恶化，神志昏迷，是日颁布的懿旨称：“特令摄政王载沣为监国，所有军国政事，悉秉承予之训示，裁度施行，现予病势危笃，恐将不起，嗣后军国政事，均由摄政王裁定，遇有重大事件，有必须请隆裕皇太后懿旨者，著由摄政随时面请施行。”这是慈禧生前发布的最后一道懿旨，当天下午未刻，这位执掌朝权几乎达半个世纪的铁腕人物在呻吟中死去。
玉座珠帘五十春，
临朝三度抱冲人。
扶床一见雏孙拜，
定省仪鸾仅隔晨。
这是慈禧死后不久文人们写的一首清宫词，它以简练的语言概括了慈禧的一生。五十年是个相当长的历史时期。在此期间，地球上的许多国家科技发展，经济繁荣，政治改良，而中国却被这样一个充满权力欲望的女人把持着，死气沉沉，发展迟滞，为了一己之私利，她可以施展阴谋，倒行逆施，置民族的利益于不顾，终于酿成了三年后清王朝的国破家亡。不仅如此，慈禧所造成的危害，给我们民族留下了沉重的包袱：她的热衷权力、崇尚专制的遗毒，到今天也不能说已全部肃清了。
主要参考书目：
《清文宗显皇帝实录》。
《清穆宗毅皇帝实录》。
《清史稿》。
《清列朝后妃传稿》。
金梁：《四朝佚闻》。
濮兰德、白克好司《慈禧外纪》。
中国第一历史档案馆藏档案。
李慈铭：《赵缦堂日记》。
王闿运：《祺祥故事》。
