清代地方档案是清代档案文献的重要组成部分，对研究清代地方的基层社会及其政治、经济、文化等具有重要意义，是修史中不可缺少的宝贵资料。为此，自2004年起，国家清史编纂委员会将整理利用地方档案列为重要工作，其中清代四川南部县衙档案的整理是其中一个重点项目。

明末清初，四川战乱不断，到顺治四年（1647）清军入川时，南部县3千多平方公里的土地上田园荒芜，百业凋敝，人口已不足1万。顺治帝为笼络人心，稳固统治，一方面减轻赋税，鼓励外流绅官、流民还籍，另一方面要求各级官衙特别是基层县衙设立编修馆，将清廷所做利国利民之事存入档案，编入史册，以传扬后代，引导万民。由于兵火及历时久远等多种原因，清代县衙档案已存世无几，但清代南部县衙档案始自顺治十三年（1656），历经全清十位皇帝，无一断档，史料价值十分宝贵。 

清代南部县衙档案系统记录了清朝200多年间在南部县的统治历史，是清代政治、经济、军事、文化、教育等各方面在地方实施的一个缩影。档案种类、名称不下百余种，包括皇帝发布的命令文书，如制、诏、诰、谕、旨等；官员向皇帝的奏报文书，如题本、奏折等；各州县间的往来文书，如咨文、移会、札、禀、呈、函等。它们大部分采用汉文或满汉双语书写，并按照形成时的原始状态分为吏、户、礼、兵、刑、工、盐七房归档保存，其中以光绪、宣统年间所载的“七房”史事最为突出。作为我国现存时间跨度最长、保存最完整的清代县级档案，南部县衙档案成为研究清代县级政权历史、政权运作模式及基层社会等诸多领域的重要文献。清朝灭亡后，这批档案尘封在县衙内，成为无人问津的死档。新中国成立后，有关部门对其进行了简单整理和保护，但利用起来仍然十分困难，亟需系统、科学地加以整理。 

清史工程启动以后，编委会派专人着手对南部县衙档案进行调研，并于2005年开始分批立项整理。至2011年年底，项目承担单位——四川南充市档案馆已系统整理出8万多件档案，基本包含了南部县衙的全部重要清代档案。目前，这批档案的电子文本已上传清史工程网络系统，供专家修史使用。据悉，2011年6月，由中华书局出版的《清代南部县衙门档案目录》获四川省社会科学优秀成果二等奖。