清代的秘密教门活动十分频繁。所谓秘密教门，是以下层民众为主组成的宗教性结社组织，“以宗教信仰的面貌出现，以师徒递传的方式组成，以宗教迷信作为维系内部联系与团结的纽带”，当时被统治者称为“邪教”。

秘密教门盛行于元、明、清三朝，但其渊源很早，有学者将其上推到东汉末年发动黄巾起义的太平道。南北朝以来，各种佛教异端教派，诸如弥勒教、白云宗、白莲宗，以及宋代其他被称为“吃菜事魔”的民间教派，对秘密教门的形成与发展都产生过深远影响。学界一般认为，元末的白莲教是秘密教门正式形成的标志。明清以后，秘密教门不断流衍演化，名目百出，“皆讳白莲之名，实演白莲之教。有一教名，便有一教主，愚夫愚妇转相煽惑”（《明神宗实录》）。明清以来著名的秘密教门，有白莲教、罗教、黄天教（又称黄天道）、闻香教、弘阳教（后称红阳教）、大乘教、八卦教、青莲教、末后一着教等。从元末到清朝灭亡，秘密教门繁衍生存了六百余年。民国以后，秘密教门又转化为各种名目的会道门组织，活动更为频繁。 

秘密教门与中国古代的儒、释（佛）、道等合法宗教有一定联系，但也有巨大差别。秘密教门以宗教信仰为外表，平时烧香念经，聚众礼拜，或称吃斋邀福，或称祛病强身，或称消灾避劫，在下层民众间广为传播。但当其组织发展到一定程度时，少数教首便萌发野心，宣称命当“大贵”、“有帝王之分”，要“换乾坤，换世界”，甚至梦想称帝登极、建立俗世神权统治。因此，在统治者看来，秘密教门不仅是“最为风俗人心之害”，甚至会演化为“谋反”的“大逆”。清代士人龚景瀚即说，“邪教特借烧香念佛，以聚众敛财，其初志即怀不轨，观其所传经文灵文，大抵悖逆之词，徒党渐多，则必乘机起事。故自汉以来，若张角、韩山童、徐鸿儒等，未有不反者也”（《澹静斋文钞外篇》）。因此清朝历代皇帝都对秘密教门加以查拿、治理以图消弭。 

对秘密教门的控制与治理，清代基本的法律是《大清律例》中的“禁止师巫邪术”一条，具体内容为：“凡师巫假借邪神、书符咒水、扶鸾祷圣，自号端太保、师婆[名色]及妄称弥勒佛、白莲社、明尊教、白云宗等会，一应左道异端之术，或隐藏图像、烧香惑众、夜聚晓散、佯修善事、煽惑人民，为首者绞[监候]，为从者各杖一百，流三千里。若军民装扮神像、鸣锣击鼓、迎神赛会者，杖一百，罪坐为首之人。里长知而不首者，各笞四十。”此后又根据需要随时补充案“例”以便审判。从实施情况来看，大体经历了清初、雍正朝、乾隆朝、嘉庆朝、晚清时期几个不同的历史阶段，各个时期轻重有别，宽严不同。但贯穿始终的原则性思路，概括起来主要有以下三个方面： 

第一，将秘密教门与合法宗教区别开来。早在清初，顺治帝就令人大张告示，宣称“治天下必先正人心，正人心必先黜邪术。儒释道三教并垂，皆使人为善去恶，反邪归正，遵王法而免祸患”，至于假宗教而行结社的“左道惑众”，如无为、白莲、闻香等秘密教门，“邀集结党，夜聚晓散。小者贪图财利，恣为奸淫；大者招纳亡命，阴谋不轨。无知小民，被其引诱，迷罔颠狂，至死不悟”，给社会秩序带来威胁，礼部及各地督、抚官员要出榜明示，并“设法缉拿，穷究奸状，于定律外加等治罪”（《清实录》）。后来雍正帝强调“自古三教流传，儒宗而外，厥有仙释”，乾隆帝也认为宗教“戒恶劝善，化导愚顽，并不无小补”，将佛、道等合法宗教视为有助于统治的教化工具，加以利用。但对打着儒释道“三教合一”的旗号，假借宗教信仰形式出现的“邪教”，统治者认为其性质完全不同，与合法宗教有严格区别，对策也应不同。晚清学者刘锦藻指出：“邪教与异端不同。若古之杨墨，今之佛老，异端也；汉之张角，明之徐鸿儒，邪教也。杨墨言仁义而差者，佛老言心性道德而差者，其学虽误，其心无他，其徒党从无犯上作乱之事，君子有辞而辟之，无取而戮之。若邪教之徒，小则惑人，大则肇乱，古所谓造言乱民之刑，不待教而诛者也。”（《清朝续文献通考》）也就是说，“邪教”被认为有“惑众”、“作乱”之虞，而宗教则有教化之功。雍正帝曾指示，“邪教非世俗寻常僧道之谓，不可借此多事”，查禁“邪教”不是要查禁各种合法宗教，也不是要禁止百姓吃素烧香、打醮（jiào，道士设坛念经做法事）念经的信仰活动。嘉庆二十四年修订的律例中所规定的“若讯明实止茹素烧香，讽念佛经，止图邀福，并未拜师传徒，亦不知邪教名目者，免议”，就是这一原则的体现（吴坤《大清律例根原》）。 

第二，在查禁和处理秘密教门案件时，坚持首从区分的方针，重点打击首要分子，对诱迫入教者相对从宽。这样既尽量缩小打击面，有利于社会稳定，也是为了孤立教首，达到治理“邪教”的目的。雍正帝说过，查禁“邪教”必须“设法缉获其为首者治罪，其愚民被其惑诱者，尽行不究方好。不然恐不肖有司，借此恐吓平民，累及无辜，则反有害无益也”（朱批奏折，雍正二年九月二十八日）。清代秘密教门案件的处理，一般遵循区分首从、分别量刑的原则，对教首和起关键作用的骨干处以最高刑罚，其余徒众胁从则依次减等处置。乾隆十三年（1748），福建爆发老官斋教案，承办官员喀尔吉善提出“逆犯罪在必诛，斋众法难遍及”，最后将搜获的三百多名涉案人员分为六等进行处罚，其中仅属同教吃斋并未参与暴动的“乡愚”，不过从轻枷责发落。在这方面政策较宽松的雍正朝，皇帝甚至认为“其余不过愚民被其扇惑耳，何罪之有？”并指示“有先受笼络、能去邪归正者，概与宽免”（朱批奏折，雍正二年五月十八日）。 

第三，对秘密教门进行分类定性。除朝廷主持或者批准的合法宗教活动外，对于涉及信仰而又位于国家权力系统以外的民间聚众活动，统治者往往非常警惕，秘密教门更是其治理与关注的重点。不同教门的活动对统治秩序的危害程度不同，清廷在查处时采取的对策也有所不同。一般而言，统治者将秘密教门的活动区分为以下几个层次：（1）杂拾释道辞句，鄙俚不经，仅与人劝善说“好话”、“并无违悖之处”的；（2）男女混杂，有害人心风俗的；（3）聚众烧香，敛集钱财，有碍民众生计的；（4）以灾劫等词诬民惑众，组织严密，有聚众为乱潜在威胁的；（5）大肆宣扬弥勒佛下生治世，“悖逆显然”，或已经进行暴动起事的。总体而言，前三者除偶有教首因奸污女性被当堂杖毙以儆“愚民”外，大多数归入一般“邪教”范围治理。后两者则多以“谋反大逆”的罪名进行严厉处治。显然，统治者主要关心的是其中隐含的政治危害。对社会秩序威胁较大的秘密教门，受到的惩罚也相应加重。 

总体来说，有清一代对秘密教门的治理，康熙朝失之宽纵，乾隆朝失之严峻，相对而言，雍正一朝较有成效。嘉庆、道光以后，为形势所迫，对秘密教门的治理更加重视，《实录》、《圣训》中相关的上谕越来越多，指示也越来越细，但成效并不如其所愿。清朝在治理秘密教门的过程中，不断总结经验，补充完善，虽然不能像专制统治者所标榜的那样“净绝根株”，但也给秘密教门以一定打击，使其发展和传播受到很大限制。