西方人对中医的了解，早在元代中西交往的过程中已经开始，但是对中医的深入研究则是明后期耶稣会士来华之后的事情。传教士在16世纪东来以后，一直将科技作为其在中国站稳脚跟的重要手段，而医学尤为先导。雍正朝禁教后，传教士感到在华行医传教难以进行，便转而研究中医中药。由于文化、生活背景、自身科学素养和研究深度的不同，传教士对中医药的看法呈现出多样性。但正是通过他们，中医被广泛介绍到西方社会，引起了极大关注。
16世纪下半叶，耶稣会果阿教区视察员范礼安神父到达澳门，开始系统收集关于中国的资料和信息，以期打开在中国传教的大门。范礼安对中国科学知识作了如下评论：“和我们相比，他们的科学是不完全的，他们似乎仍然处于阿里士多德所创造的古代哲学和基督文明降临前的时代。尽管如此，他们还是擅长于自然和道德哲学、天文学、数学、医学和其它学科——特别是书法和官话，这是花费很长时间的学习才能掌握的。”（吴孟雪《明清时期——欧洲人眼中的中国》）
之后对中医药观察和记载较多的，是在华居住了近30年的利玛窦。他说：“中国的药草丰富，而在别处则只有进口才行。……在这里买一磅大黄只要一角钱，而在欧洲却要花六七倍之多的金块。在这里可以找到葡萄牙人叫做中国木而别人叫做圣木的那种能治多种疾病的著名的药。……一般说来，他们用的药物非常简单，例如草药或根茎等诸如此类的东西。事实上，中国的全部医术就都包含在我们自己使用草药所遵循的规则里面。”（《利玛窦中国札记》）
利玛窦不仅对中医进行了赞扬，而且对当时中国传统社会存在的重科举而轻视数学和医学研究的现象做了深刻剖析，他认为：“这里没有教授医学的公立学校，每个想要学医的人都由一个精通此道的人来传授。在两京南京和北京都可以通过考试取得医学学位指通过太医院考试。然而，这只是一种形式，并没有什么好处。有学位的人行医并不比没有学位的人更有权威或更受人尊重，因为任何人都允许给病人治病，不管他是否精于医道。在这里每个人都很清楚，凡是希望在哲学领域成名的，没有人会愿意费劲去钻研数学或医学。结果是几乎没有人献身于研究数学或医学，除非由于家务或才力平庸的阻挠而不能致力于那些被认为是更高级的研究。钻研数学和医学并不受人尊敬，因为它们不像哲学研究那样受到荣誉和鼓励，学生们因希望着随之而来的荣誉和报酬而被吸引。”（同上）这些值得今人深思的重大社会文化问题，利玛窦在四百年前就有了深刻的认识，实在让人叹服。
此后，葡萄牙传教士曾德昭对中医治疗方法和西医方法进行了比较：“他们不放血，不用玻璃杯充血，没有糖浆、药剂、药丸，更不用烧灼疗法，即疏导法。他们只用中草药，使用草、根、果和种子，等等，这些都是干的。”他还向西方介绍中国的脉诊：“他们的脉诊很有名，从不问病人是头痛，肩痛或腹痛，只把病人的双手放在枕头或别的物品上进行诊脉，摸一阵脉搏的跳动，然后告诉病人的病痛是什么。”（曾德昭《大中国志》）不过，虽然亲自见证了中医的疗效，但他对脉诊的学理依据并未深究。
明末，波兰籍耶稣会士卜弥格开始系统研究脉学，并将晋代名医王叔和的《脉诀》翻译介绍到西方。他称赞“中国人确实在脉学上具有伟大的知识，在把脉艺术的基础上，他们建构了行医的做法”（韩琦《中国科学技术的西传及其影响》）。1652年（清顺治九年），他撰写《中国医药概述》一书，论及中国脉学，认为其与欧洲的诊断方法不同，通过把脉来诊断疾病，不仅能确认疾病的类型，还可以预测疾病的发展情况。后来该书由荷兰东印度公司医生格勒耶刊行，即《中医示例》。英国名医弗洛伊尔受此启发，致力于脉学研究，在伦敦出版了二卷本的《医生之脉钟》，并发明了切脉计数脉搏的表。他对中国脉学由衷赞扬道：“我将首先证明中国人确实在脉学上具有伟大的知识，在把脉艺术的基础上，他们建构了行医的做法。”耶稣会士李明在其著作中论及中国脉学时说道：“应该承认，他们已取得有关脉搏方面的特殊知识，这使中国人闻名于世界。黄帝创立医学已有四千多年，从那至今，中国人始终视脉搏学为整个医学的基础。”（曹增友《传教士与中国科学》）此外，卜弥格和耶稣会士钱德明也纷纷对针灸加以介绍，认为向西方介绍这种不放血、不吃药的治病方法大有益处。到19世纪初，针灸已经在法国得到广泛应用，出现了相关研究机构，国际学术活动也得以相继开展。
清初，本草学传到欧洲。《本草纲目》作为东方药物巨典，是明代医学家李时珍对本草学的全面整理总结之作。1659年，卜弥格将该书的植物部分译成拉丁文，称为《中国植物志》，同时介绍了部分中医本草药物。法国汉学家杜赫德在其名著《中华帝国志》中介绍了《本草纲目》的重要内容，评价道：“他指李时珍对每一种药草都作了描述，讲述了它生长的地点和怎样生长，指出了应以什么方式来收藏或采集之。他还计算了每种药草之中有争议或不太可靠的地方，不太正确和错误的地方，他接着介绍了制药的方式，和收藏及使用药物的方式。继此之后，他又论述了它们的药性、用途及其效果，最后提到了配方和各味药的剂量。”（[法]安田朴、谢和耐《明清间入华耶稣会士和中西文化交流》）
人参、冬虫夏草等中草药以其独特的药用价值引起了西方人的注意。耶稣会士杜德梅神父在1711年（康熙五十年）的书信中介绍了“百草之王”人参的价值：“人参是治疗身心过度劳累引起的衰竭症的灵丹妙药，它能化痰，治愈肺虚和胸膜炎，止住呕吐，强脾健胃，增进食欲；它能驱散气郁，医治气虚气急并增强胸部机能；它能大补元气，在血液中产生淋巴液；人参同样适用于治疗头晕目眩，还能使老人延年益寿。” [法]杜赫德《耶稣会士中国书简集》巴多明神父在1726年（雍正四年）撰写了《关于在中国被称作冬虫夏草的植物的评论》一文，向法兰西科学院介绍了冬虫夏草的药用功效，说自己亲身体验，结果“胃口大开，体力也得以恢复”。
大黄、阿胶、秋石等中药的制作方法也是西方人关注的焦点，其中又以种痘术为最。天花传染性很强，在长期的防治和治疗中，我国发明了人痘接种法，明清时已出现了专职的种痘医生，在康熙帝的推动下，人痘接种推广全国，效果良好。耶稣会士殷弘绪将此法介绍给西方。他将中国与英国的种痘法相互比较，认为“中国人给孩子接种疫苗的方法比英国式的接种疫苗更温和，危险性更小些”。[法]杜赫德《耶稣会士中国书简集》就此，法国思想家伏尔泰对中国种痘术进行了赞扬：“我听说一百年来中国人一直就有这种习惯；这是被认为全世界最聪明最讲礼貌的一个民族的伟大先例和榜样。中国人种痘的方法的确是不大相同的；他们并不割破皮肤；他们从鼻孔把痘苗吸进去，就好像闻鼻烟一样；这种方式比较好受，但是结果一样。这一点也可以证实：倘若我们在法国曾经实行种痘，或许会挽救千千万万人的生命。”（伏尔泰《哲学通信》）
被介绍到西方的中医引起了广泛关注，但当时西方对中医存在两种态度。一方面，一些来华传教士通过研究，有的还直接受益于中医治疗，对中医持肯定态度。如法国耶稣会士方德望因所患重病被中国医生治愈，而对中医给予高度评价：“中国医生不只是在抚脉诊断方面有非凡的本领，他们用药也极有效果。”他还把中医的行医过程作为一种神奇的服务向欧洲介绍，“我敢说向欧洲人介绍这一不用放血、也不用催泻的治疗方法大有益处。中国人还会在此方面继续做出贡献”。钱德明曾潜心研究过中医学，他对中国的医学成就高度赞扬，认为：“中国人的大部分医书是一些处方或诊断法编成。这些处方或方法经过无数次的实践验证。在确定一些总原则和基本标准之后，便讲发生病变的人体各部分的疾病。著书人对此讲的详细，并带有病理分析，体现了中国古代医学比较完整的医疗系统。” （曹增友《传教士与中国科学》）他还以自己的亲身体验，对有些西方人说中国医生就是江湖骗子的言论进行了反驳，并义正言辞地说，如果不是中国医生的治疗方法，恐怕他早就没命了。
另一方面，由于中西医在医疗观念和思维方式方面有着根本差异，一些传教士对中医缺乏真正的理解和深入的认识，再加上翻译的困难，更增加了对中医药的认知隔膜，故不少传教士和西方人对中医药难以接受。与西医相比，他们认为中国传统医学在诊断、治疗和对病人的回访等方面缺乏严密的科学系统，甚至没有病理上的解释，只是对古人传授的经验进行传承，而且在治病过程中保留了很多迷信观点。故在有些传教士看来，中医无异于巫术，并认为由于缺乏严格的考核认证，在当时社会上出现了大量的庸医，以此来否认中国医学的成就。如法国著名作家拜尔说：“中国医学不明原理，不知解剖学，对中国的按脉诊断尤表轻视。”方豪《中西交通史》有些传教士认为中药以野生植物为源，是草根树皮，治不了大病。传教士韩国英则认为中药在制作方面存在缺陷：“中国医学不怎么注意化学药品和植物化石的疗效，它注重的是金属、植物和动物的药品，其制药方法还是古人用的原始方法。”
尽管有些传教士对中医存在偏见和争论，但这种争论在某种程度上也促进了中医的传播。“每当一种谬论出现时，总会引起一些有识之士的反对和争论，结果使真理越辩越明。耶稣会士的中医研究，是对欧洲学术界的一种反应。正是勒诺多（法国名医）对中医的批评和讨论，在欧洲产生了很大的影响，特别是在耶稣会士中产生了种种反弹，争论的结果促进了欧洲人对中医的了解。”（韩琦《中国科学技术的西传及其影响》）而且这也并未改变中西方在医学领域相互交流的总体态势，即使到了晚清时期，“中医西传”在“西医中传”逐渐增强的背景下，仍然显示出一定影响力。
