乾隆年间乃至乾隆之后的整个清朝，雍和宫不论从建制、规格以及影响方面都堪称内地最大的藏传佛教寺院。这不仅表现在它有严格按照藏传佛教理论创建的四大扎仓僧院，通过四个僧院的系统学习，僧人不但学到了较为全面的宗教知识，又掌握一定的藏文化知识，成为清朝中央政府振兴黄教的骨干力量，他们既可以返回故地即内、外蒙古宣传佛教教义，也可以通过他们在京所受的宣传教育参与处理蒙藏地区的民族、宗教事务，成为乾隆处理蒙、藏事务中一支得力而又强大的力量。不仅如此，雍和宫还有自己的佛仓，即大活佛的住所。乾隆皇帝总结清朝开国以来与藏传佛教交往的经验，更是深深懂得培养一批与朝廷有密切关系、在藏传佛教界有崇高威望、在蒙藏地区有重要号召力的转世活佛的必要。从雍和宫改建为藏传佛教寺院开始，乾隆帝就在三世章嘉·若比多吉的帮助下有计划地使一批转世活佛与雍和宫联系起来，使他们成为雍和宫的活佛，并在此基础上形成了从乾隆年间一直到清末对蒙藏事务起过重要作用的驻京呼图克图制度。雍和宫的活佛中，有的本来就是蒙藏地区的重要转世活佛，有的是由于在雍和宫担任僧职而发展起来，然后在蒙藏地区确立其重要地位的转世活佛。
如果说雍和宫的四大扎仓曾经培养出了一批批著名的宗教人才，那么，雍和宫的佛仓中则居住着一大批在乾隆年间为西藏与中央政府关系而奔波的大活佛，他们不但是雍和宫兴旺发达的重要因素，更是乾隆乃至整个19世纪后期历代中央政府处理蒙藏事务中的得力助手，是在特定历史时期曾经影响过中央政府与蒙藏地区关系的大活佛。
在今天雍和宫恢宏的建筑群旁，围绕着层层青砖黄瓦的皇家建筑和高大的红墙，密集着许多小院落，与雍和宫雄浑的建筑格局形成强烈对比。走进去，这里是典型的北京四合院，许多北京市民就生活、居住在这里。关于这些院落的历史可以追溯到更为久远的过去。
《雍和宫漫录》中有这样的记载：
“蒙、藏两族各大喇嘛来到北京，他们每人都有一处驻京的行宫。这行宫有以下三种情形：第一种叫‘城内本庙佛仓’，就是在北京城内有他本人的一座庙作为他的行馆。地安门三眼井东口外的嵩祝寺，就是章嘉呼图克图的本庙佛仓。嵩祝寺东边的法源寺和西边智珠寺，则是章嘉随从人员的宿舍……地安门以东的福祥寺，则是青海噶勒丹锡即色赤活佛呼图克图的本庙佛仓……
“第三种是‘赐居佛仓’。即本人在京没有庙，因为职务关系需要长期留驻北京，而且他的职务又与雍和宫有关，于是就在雍和宫内或雍和宫附近另辟院落给他建造佛仓，名叫‘赐居佛仓’。就是赏赐一所宅院的意思。这些佛仓一般都分布在昭泰门外辇道路西，有两个小门，门里分成三个院落，由南往北，第一个院落是‘洞阔尔呼图克图佛仓’，前后五排，共有瓦房三十八间，其中佛堂五间，其余为洞阔尔的卧室、客厅、厨房等。由洞阔尔佛仓往北是第二个院落，即‘萨木萨呼图克图佛仓’，共有瓦房十间。由萨木萨呼图克图佛仓往北是第三个院落，即‘诺们罕呼图克图佛仓’，共有瓦房二十五间。在昭泰门辇道的路东，也有两座小门，门内是‘阿嘉呼图克图佛仓’，共有瓦房六十六间，其中佛堂三间，而且全部都由走廊通连着，另外还有十二间游廊。这阿嘉佛仓在雍和宫所有各佛仓中规模最大、气势最为阔绰。以上四座佛仓，全都在雍和宫昭泰门外，俗称‘内围子佛仓，就是雍和宫内佛仓的意思。
“除了‘内围子佛仓’还有‘外围子佛仓’，一共三处：第一处在雍和宫东花园内，名叫‘土观呼图克图佛仓’。共有瓦房四十五间，厨房五间，内有五间瓦房用作佛堂。第二处在土观呼图克图佛仓的东边，为西藏‘济隆呼图克图佛仓’，共有瓦房十五间。这座佛仓在1929年民国十八年曾一度改为‘西藏驻平办事处’。第三处在土观呼图克图佛仓的后边，是‘果蟒呼图克图佛仓’，共有瓦房三十间。在这里还必须介绍的是，藏经馆原为北大门，在光绪二十六年1900以前喇嘛印务处还没有设在这里时候，乃是‘那木喀呼图克图佛仓’。在藏经馆旁边的东板子门内，则是‘诺们罕呼图克图佛仓’。”
这是《雍和宫漫录》中有关雍和宫佛仓的记载。现在看来，这些民宅就是当年乾隆皇帝为从蒙古、西藏以及甘肃、青海地区请来的大活佛所建的“佛仓”即居所。
昔日的佛仓已易其主，像色赤活佛、济隆活佛、土观活佛等大活佛的名字对于我们和更多的人听起来已经非常陌生，唯有这座昔日的皇家寺院和它里面传来的朗朗颂经声还会将我们带回遥远的过去。
清朝中央政府为把雍和宫建设成在加强蒙藏地区工作中的重要基地，除三世章嘉国师和二世色赤活佛协助乾隆帝主持其事外，乾隆帝又陆续从西藏、青海、甘肃调来很有影响的蒙藏籍的格鲁派大活佛，如：青海塔尔寺主要活佛之一的三世土观大活佛；西藏甘丹寺的一世策墨林活佛；青海广惠寺寺主三世敏珠尔大活佛；青海东科尔寺寺主六世东科尔大活佛；甘肃拉卜楞寺四大活佛之一的萨木察大活佛等。让他们在雍和宫任职，参与管理，从事蒙藏地区的政教工作。
这些高僧大德为加强祖国统一，促进民族团结做了大量工作。
雍和宫第一任堪布——三世章嘉呼图克图，曾长期担任驻京掌印扎萨克喇嘛，数次奉旨进藏处理政、教事务，在协助乾隆处理蒙藏事务中多有建树，前面已经提及，此处不再赘述。在他之后，还有许多鲜为人知但在雍和宫历史以及整个中央与蒙藏地方关系史上产生过重要影响的大活佛，他们是：
（1）一世策墨林阿旺楚臣1721—1791：
公元1721年，阿旺楚臣出生于甘南卓尼地方。幼年出家，青年时代赴西藏学经。后来因佛学造诣颇深被三世章嘉请至京城，因此进入雍和宫并逐渐升任堪布之职。在任14午，是清朝时期继三世章嘉活佛后又一位活跃于内地和西藏政教舞台上的雍和宫堪布。
他在雍和宫担任堪布时，深得乾隆皇帝赏识，清廷在西藏实行摄政制度摄政制度：始于十八世纪中期，即公元1751年。当时西藏的行政体制改革后，实质上是由达赖喇嘛和驻藏大臣共同掌管西藏政教大权。1757年第七世达赖喇嘛圆寂后，主持藏政出现了问题，乾隆帝便命第穆大活佛掌办“商上事务”，汉语称“摄政”。自此，每逢达赖喇嘛圆寂，在转世灵童寻认过程直至其成年亲政前，都由清朝政府选定的大活佛代行达赖职权，达赖亲政后，由摄政辅佐其掌管西藏的政教大权，成为一种制度。从1757年到西藏和平解放的一百多年间，共由中央政府往西藏派出摄政12位，其中四任是由雍和宫堪布担任的。期间，于1777年被派往西藏出任第二任摄政，乾隆皇帝亲自颁发敕书，通告全藏，在藏期间，勤于臧事，经常同驻藏大臣和众噶伦一起商议西藏发生的大事，经常赴各地调查，足迹遍及雪域。他关心贫困僧俗生计，对市场上的食品，糌粑价格，行销白银等作了严格法律规定。以其高深的佛学造诣和出色的办事能力赢得了广大信教群众及同行赞誉。1786年，三世章嘉国师圆寂后，被调回北京接替章嘉职务。廓尔喀事件发生后，他第二次被派往西藏摄政，此行，一世策墨林活佛以七十二岁高龄再度受命赴藏，解决了廓尔喀战争中的许多遗留问题，半年后便圆寂西藏。
策墨林一世在担任西藏摄政期间，西藏曾发生了许多事情，诸如第六世班禅朝清并圆寂，在这一重大历史转变过程中，他顺利完成了第六业班禅转世灵童寻访、认定等一系列工作；在西藏两位政教领袖第八世达赖喇嘛和第七世班禅大师年龄尚小的情况下，秉承皇帝旨意，管理西藏政教事务成绩卓著。他一生数度受命危难，奔走于北京与西藏之间，并为西藏安危殚精竭虑。之后，他的转世又出任西藏摄政一职，他们共同掌管西藏政教事务达四十余年。成为雍和宫历史尤其是西藏历史上影响深远的一位大活佛。
（2）七世济隆活佛1708--1758
由三世章嘉活佛按乾隆皇帝旨意，从西藏选送的一位颇有影响的大活佛，是继三世章嘉活佛之后，第二位出任雍和宫堪布的大活佛。
济隆活佛是西藏地区一个重要活佛系统。更是格鲁派中起源最早并卷入清代许多政治事件的活佛转世系统。其中一世、二世、五世济隆活佛等都与格鲁派各大活佛，例如一世班禅大师，五世达赖喇嘛有非常密切的关系，六世济隆活佛阿旺官却尼玛1653—1705更是一个在清朝历史上产生过一定影响的大活佛，后圆寂于北京。七世济隆是该系统中最早与雍和宫建立联系并受朝廷册封的一位活佛。乾隆皇帝曾封他“慧通禅师”并赐敕印。七世济隆活仰曾为乾隆平定内乱，收复边疆作出过很大贡献。
蒙古准噶尔部一直是清朝面对的一个最大的民族不安定因素，夙与清中央政府关系紧张。公元1756年其内部发生阿睦尔撤纳之乱即曾受清政府绮重的阿睦尔撤纳凭借自己实力的不断壮大与清政府分庭抗礼。清政府认为“国家大事，无过于此”。遂发兵出击伊犁。七世济隆活佛正是在这一时期被派往伊犁协助清朝平乱。回京后被加封札萨克达喇嘛名号。
（3）八世济隆意希洛桑丹贝衮波1760—1811
是该系统中第二位参与管理雍和宫的大活佛。1792年奉命赴藏协助第八世达赖喇嘛办理西藏事务。
1789年的西藏，正值廓尔喀第一次大举逃犯之时，年轻的八世达赖喇嘛是否能够左右西藏政局，是乾隆皇帝非常担忧的一件事。派八世济隆担任第八世达赖喇嘛摄政，协助西藏地方政府是清政府的一项重大举措。
廓尔喀战争后，清政府制定了全面整顿藏政的《钦定藏内善后章程》二十九条，使清朝治理西藏进入全盛时期。这一阶段，八世济隆活佛协助已亲政的第八世达赖喇嘛努力贯彻“钦定章程”，对安定西藏，发展生产起到了良好作用。八世济隆活佛担任摄政期间，西藏没有出现任何馄乱局面。
由于协助八世达赖喇嘛办理西藏事务成绩卓著，乾隆皇帝封他“毕力克图”名号，并将曾经没收的噶玛巴红帽活佛的羊八井寺赐给他。此外，乾隆皇帝还为他在拉萨新建寺庙，赐名“永安寺”即拉萨功德林寺。1807年嘉庆九年，八世达赖喇嘛圆寂后，他又会同西藏地方寻找其转世灵童，报请清嘉庆皇帝免于金瓶掣签，得到批准。
八世济隆圆寂后，第九世、第十世济隆活佛先后在协助第十一世、十二世达赖喇嘛办理西藏事务，在主持寻访第十三世达赖喇嘛的过程中，作出过很大贡献。
1876年光绪二年正月，光绪帝命驻雍和宫的十世济隆活佛阿旺丹贝坚赞出任西藏摄政。他在任十年，光绪帝命他主持寻找并照看十二世达赖喇嘛的转世灵童。功绩卓著，1879年受到光绪皇帝嘉奖。
（4）贡觉仲尼1883—1944
民国时期活跃于中央与西藏地方关系舞台上的又一位雍和宫堪布。他九岁出家，一直在拉萨格鲁派三大寺之一的色拉寺学习，后取得格西学位。1924年，已成为西藏政教界显赫人物的贡觉仲尼受第十三世达赖喇嘛之命接任雍和宫堪布一职。从此开始了他一生致力于沟通中央与西藏地方关系的生命历程。
1912年，中华民国成立，夙与晚清政府有间隙的第十三世达赖喇嘛万分惊喜，尤其是《中华民国临时约法》中“汉、满、蒙、回、藏诸族为一人”、 “汉、满、蒙、回、藏诸地为一国”的条款，使长期过着流亡生活的十三世达赖喇嘛深受鼓舞，派贡觉仲尼到雍和宫出任堪布是他“顷心内向”的具体表现。
1924年12月，贡觉仲尼及其侍从十人进京。到京后即向蒙藏院呈报到京日期并且付履历“核查备案”。此行，他不仅担任雍和宫堪布，同时作为达赖喇嘛和噶厦政府的代表，肩负着与国民政府蒙藏院接洽，办理蒙藏事务工作之重任。
1924年9月，清朝最后一位皇帝被逐出故宫后，中国政局因此发生了巨大变化，内地与西藏关系是否会受影响?贡觉仲尼到任后随即联名西藏驻京六堪布上书蒙藏院：
西藏特派驻京堪布等为呈请事窃堪布等奉达赖喇嘛之命来京当差，凡民国与西藏之关系自应注意。近闻政府将大清皇帝之优待条件业已取消，查此条件与蒙、回、藏待遇条件同时宣布。今与何理由而取消，至其同时宣布之条件是否一并取消，堪布等连日探询，为得真相，为此呈请钧院转请政府明示，如约法所载之条件一律取消，堪布等即应回藏消差，如尚未取消，亦请明白批示，以便报告达赖喇嘛，免致远道传闻失实，转生误会，为此呈请蒙藏院俯予转呈，堪布等静候办理，谨呈蒙藏院总裁。
西藏堪布雍和宫住持扎萨克棍却仲尼
西藏特派驻京教习堪布顿柱旺结
西藏特派驻京卓尼尔·降巴曲旺
西藏特派驻京洛藏娃楚臣丹增
西藏堪布五台山扎萨克罗桑巴桑
西藏堪布达赖庙达喇嘛罗桑仁增
中华民国十三年十一月二十七日谨呈。
对贡觉仲尼提出的问题蒙藏院十分重视，并很快做了答复：“满、蒙、回、藏各族待遇条件，历经颁布，大信昭然，效力确定，允无疑义。”
民国时期内地形势风云变幻，而西藏地方形势并未因此有太大变化，贡觉仲尼在其中起了很大作用。
1928年2月，蒋介石在南京组建新的国民政府，设蒙藏委员会专管蒙古、西藏行政事务。之后，蒋介石曾到过北京并参观了雍和宫，贡觉仲尼亲自接待，并向蒋介石力陈自己对西藏问题的看法。雍和宫之行，使蒋介石看到西藏问题关系重大，并决定派代表团赴藏慰问。此时的贡觉仲尼则为西藏地方当局与中央关系的重新修好四处奔走。
1929年8月，他赴太原向蒙藏院委员会委员长阎锡山，转述十三世达赖喇嘛“倾心内向的心声，阎锡山很快将达赖所述致电国民政府：
倾据达赖派往雍和宫堪布贡觉仲尼，楚臣丹增来，并面称：近接达赖函，令伊声明三事：一达赖并无亲英之事，其与英国发生关系，不过因英藏壤地毗连，不能不与之略事敷衍耳；二达赖仇华亦属误传，民六、民九、民十三达赖均有派员来华，并发有护照，内中言明中藏亲睦，现有护照可证；三达赖，班禅感情素惬，其始之发生误会，系因班禅部下之人行为不法，达赖逮捕数人，班禅遂惧而出走，并非达赖所逼，等语。
阎锡山叩册、印
1929年9月，贡觉仲尼到南京谒见蒋介石，转述十三世达赖喇嘛“对中央绝对服从……希望国府能与西藏通消息，西藏完全服从国府之命”的诚意，再次重申达赖不亲英人，不背中央，愿迎班禅回藏的意愿。1929年12月，贡觉仲尼以“赴藏慰问专员”的身份赴藏，向达赖喇嘛及噶厦政府转陈中央政府对解决西藏事务的意见，贡觉仲尼到拉萨后，受到达赖喇嘛和西藏民众的隆重欢迎。他的拉萨之行，揭开了西藏地方与中央政府关系的新篇张。
1930年3月，达赖喇嘛授他为西藏驻京总代表，全权负责办理西藏在京事务及双力沟通等事宜。1931年，西藏驻京办事处正式成立，他担任办事处处长一职。从此便一心致力于西藏地方与中央政府关系事务。1933年，十三世达赖喇嘛圆寂后，完成了有关善后事宜，并一手促成了中央特派黄慕松赴藏致寂之事。1936年离京返藏但仍致力于沟通双方关系工作。1944年因病去世，终年61岁。他是继一世策墨林活佛之后，又一位在中央与西藏地方关系史上产生过巨大影响的雍和宫堪布。
贡觉仲尼担任雍和宫堪布十余年，民国中央政府与西藏地方关系的址终缓解，双方在许多重大问题上达成共识，贡觉仆尼起了很大作用。他是雍和宫历史上出现的影响过整个中国历史发展的大活佛，同时也是最后一位活佛，，在他之后，随着中国政局的动荡不安，雍和宫逐渐走向萧条，再也没有出现过影响中国时局的大喇嘛。
20世纪80年代改革开放后，雍和宫以崭新的姿态，被世界以及整个藏学领域所重视，重新为新时期的中央与西藏地方关系发挥着它特殊的作用。
（资料来源：雍和宫网站）
