乾隆二十二年（1757）秋，清政府平息了阿睦尔撒纳叛乱，乾隆二十四年（1759）夏，又平息了大小和卓的叛乱，至此，终于完成了新疆的统一。乾隆二十七年（1762）十月，清政府以明瑞为总统伊犁等处将军（简称伊犁将军），管辖新疆广大地区。这是清政府为巩固新疆统一而采取的重要举措，对维持新疆的长治久安起了重要作用。 

一、伊犁将军的设置 

伊犁将军的设置与清政府在新疆实行驻兵屯田有关。由于从内地往新疆运粮有许多困难，所以，清政府在统一新疆过程中，始终关注驻兵屯田问题。从乾隆二十一年（1756）九月开始，清军在伊犁进行查勘屯田，随后在多个地区开始驻兵屯田，有关规制也随之逐渐建立。乾隆二十五年三月，在从乌鲁木齐至罗克伦之间的4处庄田中，规定每庄屯田兵800余名，委派游击都司各1员管理。九月，参赞大臣阿桂上奏伊犁驻兵屯田的规划，包括增派维吾尔人屯田、增派官兵驻防屯田、建城堡等内容。乾隆二十七年正月，清政府核定了新疆各地屯田兵的数目，规定乌鲁木齐5000名，哈喇沙尔700名，赛里木、拜各50名，库车、和阗、乌什、阿克苏、叶尔羌、喀什噶尔、英吉沙尔等地也都有数目不等的屯田兵。乾隆皇帝认为：新疆驻兵屯田，必须以满洲将军大员驻守，才能专任其事。 

伊犁将军的设置还与清政府实行稳定新疆局势相应的措施有关，这些措施包括设官吏、置卡台、建城堡、颁刑律、铸货币、明制度等。设官吏就是新疆统一后，派官员管理新疆各地，他们或称参赞大臣，或称领队大臣。在维吾尔族居住地区还有各种等级的伯克，以维吾尔族的头人担任。置卡台就是设立卡伦、台站，或为防卫哨所，或为交通建置，备有驼马牛羊，由侍卫统领卡伦官兵。建城堡就是在物产丰富、形势险要的地方筑城驻兵。颁刑律就是严格立法，惩治凶顽，维持社会治安。铸货币就是开局设炉，改铸制钱，供当地使用。明制度就是制定户口管理制度和进京朝觐的年班制度。 

伊犁将军的设置也与对归附的外藩属国的政策有关。清政府统一新疆后，邻近的霍罕、博罗尔、巴达克山等外藩属国相继归附，他们派使者前来北京，表示永为臣仆。清政府即通过设置伊犁将军来抚绥外藩属国。 

二、伊犁将军的组织系统 

伊犁将军是清政府设在新疆的最高军政长官，其组织系统是：在伊犁将军之下，设都统、参赞大臣、办事大臣、领队大臣分别管辖伊犁、乌鲁木齐、塔尔巴哈台、喀什噶尔等地区。 

首先是伊犁地区。伊犁将军驻伊犁惠远城，将军衙署内设营务、印房、粮饷、驼马、功过处等机构，以司员、帮办、章京、笔帖式任事，分别负责将军操阅、处理日常事件、钱粮支出、孳生牛马、与哈萨克贸易、功过登记等事。作为伊犁将军的属官，还有参赞大臣、领队大臣、卡伦侍卫等员与将军同驻伊犁。参赞大臣赞理伊犁地区军政事务。领队大臣分别管理惠宁城、锡伯营、索伦营、察哈尔营、厄鲁特营。卡伦侍卫带官兵驻守卡伦。 

其次是乌鲁木齐地区。乌鲁木齐都统作为伊犁将军属官驻乌鲁木齐巩宁城，管理库尔喀喇乌苏、乌鲁木齐、巴里坤、古城以及哈密、吐鲁番等地满汉官兵。乌鲁木齐都统衙署内设印房、粮饷、驼马三处，以司官、笔帖式任事。都统下辖乌鲁木齐、巴里坤、古城、吐鲁番满营领队大臣，库尔喀喇乌苏办事领队大臣，哈密办事大臣。各领队大臣之下分设协领、佐领、防御、骁骑校统率所部兵丁。 

再次是塔尔巴哈台地区。塔尔巴哈台参赞大臣作为伊犁将军的属官驻塔尔巴哈台，衙署内设印房、粮饷、驼马三处，分别以司员任事。参赞大臣之下辖协办领队大臣、专领游牧领队大臣等，专营巡察东西路卡伦。 

最后是喀什噶尔地区。喀什噶尔参赞大臣作为伊犁将军的属官驻喀什噶尔，总辖喀什噶尔、英吉沙尔、叶尔羌、和阗、阿克苏、乌什、库车、哈喇沙尔八大城事务，其下附设办事大臣1员，专理喀什噶尔及英吉沙尔事务。衙署内设印房、回务、经牧三处及粮饷局，分别以章京、笔帖式任事。参赞大臣之下，还在英吉沙尔设领队大臣1员，叶尔羌设办事大臣、协办大臣各1员，和阗设办事大臣2员，乌什、阿克苏、库车、哈喇沙尔设办事大臣各1员。大臣之下设章京、笔帖式、佐领、防御、骁骑校、副将、游击、都司等官统率所部官兵。 

伊犁将军管辖区域内，在民政制度上，存在着札萨克制、伯克制、郡县制三种形式。蒙古各部等游牧民族地区实行札萨克制，札萨克即旗长，下设管旗章京等管理旗务。维吾尔族居住地区实行伯克制，设阿奇木伯克等管理具体事务。汉族百姓居住地区实行郡县制，设知府、知县等管理地方民事。这里应当说明的是，实行郡县制的地方虽然在伊犁将军管辖内，但是官员的任免不直接由伊犁将军管理，而是属于甘肃布政使司。 

三、伊犁将军的职掌 

伊犁将军“节制南北两路”，统辖外夷部落，操阅营伍，广辟屯田（《新疆识略》卷5），具体职掌包括： 

管理驻兵屯田。关于驻兵。乾隆二十五年（1760）以后，新疆驻兵形成制度。满洲、锡伯、索伦、蒙古、绿营官兵总计约3万名，分布南北两路，有驻防、换防之分。驻防即携眷兵永远驻守，伊犁、古城、巴里坤满洲、锡伯、索伦、蒙古、绿营以及吐鲁番满营兵即如此。换防即轮班更替，不常驻，不携眷，乌什、阿克苏、叶尔羌、英吉沙尔、喀什噶尔、塔尔巴哈台满兵即是。清政府要求新疆驻兵加强训练，伊犁将军要定期察阅。关于屯田。乾隆二十五年以后，新疆屯田日益展开，有兵屯、旗屯、犯屯、民屯、回屯等形式。不同形式的屯田虽然都有相应官员直接负责，但是都要受伊犁将军统一管辖。 

稽查台站卡伦。台站即驿道。从乌鲁木齐到巴里坤、伊犁，从库尔喀喇乌苏到塔尔巴哈台，从喀什噶尔到吐鲁番，从阿克苏到伊犁、乌什，从叶尔羌到和阗，从精河到哈密，总计台站185座，由管理台站领队大臣直接负责，伊犁将军不时稽查。卡伦即哨所。新疆南北两路共有卡伦182座，由各地参赞大臣、领队大臣专辖，而总统于伊犁将军。这些卡伦的作用，有的是监督贸易，有的是稽查逃人、采玉和游牧。 

经理牧厂贸易。为了驻军和屯田的需要，从乾隆二十五年起，清政府就在南北疆许多地方设立了牧厂，以繁殖牲畜。这些牧厂规模大小不等，有驼厂、马厂、牛厂、羊厂之分，由伊犁将军衙署中的驼马处及各地参赞大臣掌理，最后总辖于伊犁将军。贸易主要是指清政府和哈萨克、布鲁特的贸易。为保证公平交易，有序进行，不生事端，伊犁将军要派侍卫、协领等官进行监督。 

统辖外藩属国。中亚地区的哈萨克、布鲁特以及霍罕、博罗尔、巴达克山等外藩属国归附后，清政府以伊犁将军统辖，伊犁将军再派参赞大臣、领队大臣等负责具体事务。 

四、伊犁将军设置的意义及其局限性 

清代总计有57人次、41人任伊犁将军。光绪十年（1884）新疆建省后，伊犁将军仍然存在，只是职权缩小了，专辖伊塔边防及驻防营兵。清代伊犁将军的设置，对维护清朝的国家统一，巩固西北边防，抵御外来侵略，稳定社会秩序，防止分裂割据，都起了很大作用。以乾隆朝长龄平息张格尔之乱为例。张格尔是大和卓波罗尼都之孙。波罗尼都在乾隆年间因为叛乱被清政府平定。张格尔（1790—1828）生于浩罕，他为了替祖父复仇，便利用和卓后裔在维吾尔族中的影响，从嘉庆二十五年（1820）开始，多次煽动叛乱，纠集浩罕兵袭击清朝的边境卡伦，制造新疆社会动荡。道光五年（1825）夏，张格尔又发动叛乱，占领了南疆的喀什噶尔（今喀什）等四城，气焰十分嚣张。在这种情况下，伊犁将军长龄（1758—1838）奉命出任扬威将军，征讨张格尔。长龄一面派人侦察张格尔情况，一面组织兵力对其进行围剿，在收复了喀什噶尔等城之后，最终擒获张格尔，并将他送往京师处死，维护了清朝的统一和领土完整。 

伊犁将军也有其历史局限性，主要表现在：“治兵之官多，治民之官少。”（《左文襄公全集·奏稿卷九》）即偏重于军事统治，在行政管理体制上，缺乏统一性。在有些地区，清政府委派的官员缺乏与少数民族沟通，政令下达受到阻碍。结果，至清朝晚期，随着清朝统治阶层的腐败，新疆问题又日益严重。 

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