陈祖武教授学风严谨，为学一丝不苟。他认为，学术研究旨在解决前人未曾解决的问题，推动学科建设发展，为提高全民族科学文化素质做贡献。以之为职志，他长期潜心于清代学术史研究，确有心得，则撰文发表，相继结撰为《清初学术思辨录》和《中国学案史》。《清初学术思辨录》于1992年6月由中国社会科学出版社出版。全书以顺治、康熙二朝学术史上的若干重要问题为论究对象，合众多个案研究为一体，对80年间的学术演进趋势、主要特征和历史地位等，进行了深入探讨。《中国学案史》则是—部填补学术空白的开拓性著作，于1994年4月由台北文津出版社出版。该书远溯先秦诸子、《史记》、《汉书》，上起南宋朱熹《伊洛渊源录》，下迄民国徐世昌《清儒学案》，于学案体史籍的形成、发展和演变，做厂第一次系统梳理。
陈祖武教授的研究所得，颇为学术界同仁重视。自90年代初以来，他多次应邀访问台湾、香港，就清代学术史研究发表演讲。
陈祖武教授主要论著有：《清初学术思辨录》1992年、《中国学案史》1994年；主要论文有：《顾炎武与清代学风》、《从清初的反理学思潮看乾嘉学派的形成》、《王船山<双鹤瑞舞赋>为尚善而作说辨》、《梁启超对清代学术史研究的贡献》、《孙奇逢与<理学宗传>》、《<明史纪事本末>杂识》、《朱熹及其<伊洛渊源录>》、《<皇清经解>与古籍整理》、《关于研究中国学案史的几个问题》、《关于乾嘉学派的几点思考》；古籍整理：《李士恭年谱》1988年、《颜元年谱》1990年、《榕村语录》、《榕村续语录》1995年。
陈祖武教授近期的研究重点为清代礼学。他认为，清代学术以经学为中坚，治清代学术史，于—代经学的董理是一个极为重要的方面。承宋明数百年礼学衰微之后，清儒之于礼学，自清初发端，经清廷提倡，于乾嘉间鼎盛发皇，迄于晚清，学随世变，终由孙治让《周礼正义》、黄以周《礼书通故》而做出总结。一代礼学演进，既有先前学术承传的深刻影响，又与一代社会兴衰两位一体，不可分割，将二者密切结合，爬梳文献，实事求是，当能从中总结出若干有规律性的认识来。
陈祖武教授现正为国家培养硕士研究生3名，专业方向皆为清代学术史。讲授课程为：清代学术史、中国经学史、中国学案史和版本目录学等。
（资料来源：《名师荟萃——中国社会科学院研究生院博士生导师简介一》，中国经济出版社1998年版，中华文史网整理。）